Основните източници на замърсяване са торове и химически вещества от селското стопанство, които замърсяват водата с хранителни вещества като азот и фосфор, водещи до евтрофикация. Освен това индустриалните отпадъчни води допринасят за химическото замърсяване на реки, езера и крайбрежни води.
Също така структурните промени в водните пътища, като язовири и канализация, са допринесли за екологичния упадък, показва нов доклад на Европейската агенция за околна среда.
Повърхностните води се считат за от ключово значение за поддържането на биологичното разнообразие, но в много региони в Северозападна Европа (включително Белгия, Нидерландия и Германия) качеството на повече от 90% от водните тела е определено като средно, лошо или много лошо.

