Biobrændstoffer betragtes som et alternativ til fossile brændstoffer for dermed at reducere drivhusgasser fra transport- og transportsektoren. I de seneste ti år har EU brugt omkring 430 millioner euro i tilskud til at fremme biobrændstoffer. Men overgangen fra laboratorieforskning til reel storskala produktion er ikke kommet i gang og kan vare mange år endnu.
En af forventningerne har længe været, at naturlige produkter fra land- og havebrug kunne blive råvarer til nye, miljøvenlige brændstoffer. Indtil videre anvendes de nu producerede biobrændstoffer primært som tilsætning til almindelig benzin, diesel og kerosin, og det kun i meget begrænset omfang.
Desuden begrænser tilgængeligheden af egnet biomasse anvendelsen af biobrændstoffer. Europa-Kommissionen forventede, at fremme og brug af biobrændstoffer ville øge EU’s energiuafhængighed. Men i virkeligheden importeres mange råmaterialer hovedsageligt fra tredjelande (fx import af brugt stege- og stegeolie fra Kina, Det Forenede Kongerige, Malaysia og Indonesien).
Den Europæiske Revisionsret konkluderer, at EU-politikken ikke formår at sætte produktion og investeringer i denne nye sektor i bevægelse. Flytransport kunne for eksempel blive en storforbruger af biobrændstof, og EU har allerede truffet beslutninger om dette. Det fastsatte niveau for bæredygtigt flybrændstof i 2030 er 2,76 millioner ton olieækvivalent, mens den nuværende produktionskapacitet knap når en tiendedel af dette beløb.
Fremtiden for biobrændstoffer i vejtransport er også blevet uklar de seneste år. Den store satsning på overgang til elbiler kombineret med ophør af nye benzin- og dieselbiler i 2035 kan også betyde, at biobrændstoffer næppe kan anvendes i stor skala i EU’s vejtransport.