Ifølge retten måtte ministeren på baggrund af EU-lovgivningen ikke inddrage økonomiske hensyn (som landmændene havde krævet), men kun økologiske og naturvidenskabelige. Retten vurderer, at habitatområderne allerede ved indførelsen af Natura2000-lovgivningen var medtaget, men at deres naturlige tilstand kan være forringet gennem de senere år.
I så fald kunne regeringen endda blive påtalt af EU, hvis det såkaldte forbud mod forringelse blev overtrådt, og ministeren ikke tog handling mod det.
Mod ministerens beslutning var der indsendt mange klager over hele Nederlandene til forskellige domstole. Retten i Arnhem behandlede medio marts cirka 70 sager over flere retsmøder. De fleste klager kom fra landbrugsvirksomheder, der frygter konsekvenserne af opdateringen. Også foreningen Leefmilieu indgav en reaktion for at forhindre, at beskyttelsen af Natura 2000-områderne blev rullet tilbage.
Retten skriver i dommen, at den er opmærksom på, at (landbrugs)virksomhederne er bekymrede for beslutningens indvirkning på deres erhverv. Mange af dem siger, at de ikke på forhånd havde indset, at udpegningen af Natura 2000-områderne ville få så stor betydning.
Desuden føler landbrugsvirksomhederne i øjeblikket et enormt pres fra kvælstofproblematikken og finder det urimeligt, at det især er den agrariske sektor, der synes at blive ramt. Den omstridte ændringsbeslutning er et godt eksempel på dette, da det nu viser sig, at tidligere udpegede Natura 2000-områder kan blive justeret bagefter.
I den endelige dom ophæver retten ikke regeringens beslutning. Det skyldes, at ministeren ifølge EU-retten er forpligtet til at sikre, at (beskyttelsen af) levesteder og arter i Natura 2000-områderne er korrekt. Hvis det på baggrund af aktuelle økologiske data viser sig, at arter eller levesteder ikke er medtaget, er ministeren forpligtet til at korrigere den tidligere udpegning.
Hvad ministeren dog burde have gjort tidligere, var at fremlægge habitattypenes kort til gennemsyn. Det har ministeren ikke gjort. Alligevel ændrer det ikke sagens udfald, fordi habitattypenes kort i klagesagerne alligevel var tilgængelige, så landmændene havde over et år til at reagere på dem. Mange af (landbrugs)virksomhederne gjorde det ikke.