De vigtigste forureningskilder er gødning og kemikalier fra landbruget, der forurener vandet med næringsstoffer som kvælstof og fosfor, hvilket fører til eutrofiering. Derudover bidrager industrielt spildevand til den kemiske forurening af floder, søer og kystvande.
Strukturelle ændringer i vandveje, såsom dæmninger og kanalisering, har også været med til at forværre den økologiske tilstand, fremgår det af en ny rapport fra EU's Miljøagentur.
Overfladevand betegnes som afgørende for opretholdelsen af biodiversitet, men i mange områder i Nordvesteuropa (herunder Belgien, Nederlandene og Tyskland) vurderes kvaliteten af over 90 % af vandområderne som middel, dårlig eller meget dårlig.