Især brugen af kemikalier i landbruget står for skud.
Europa-Kommissionen fastslår, at de nuværende tiltag mod vandforurening ikke er tilstrækkelige. Ifølge flere undersøgelser er nitrat og andre landbrugskemikalier vigtige årsager til den dårlige vandkvalitet. Især i områder med intensivt landbrug er floder, søer og grundvand alvorligt forurenet.
Af denne grund ønsker Kommissionen at skærpe det eksisterende nitratdirektiv. Forslaget opfordrer blandt andet til en reduktion af vandforbruget med ti procent inden 2030. Kommissionen peger på voksende tørkeproblemer i Europa og advarer om mulige konsekvenser for fødevaresikkerhed og biodiversitet.
Forslaget er ifølge flere kilder kontroversielt i Europa-Parlamentet. Især i landbrugskomitéen og blandt landbrugsinteresseorganisationer forventes hård modstand. De frygter, at strengere miljøregler vil gå ud over landmændene og presse fødevareproduktionen.
Et andet stridspunkt er den politiske følsomhed omkring de grønne miljø- og klimalove i Green Deal. Ifølge Politico har medlemmer af EVP, den største gruppe i Europa-Parlamentet, krævet, at enhver henvisning til Green Deal i udkastet til vandforvaltningsrapporten bliver fjernet – selv ordet 'Green Deal' må ikke nævnes.
Kritikken fra parlamentet begrænser sig ikke kun til indholdet. Ifølge rapporter er der også indvendinger mod Europa-Kommissionens kommunikation: Kommissionen skulle præsentere forslagene som tekniske og nødvendige, mens konsekvenserne for landbrug og økonomi er politisk ladede.
Flere kilder peger på en stigende tendens, hvor kortsigtede interesser som økonomisk vækst og fødevareforsyning tilsyneladende vægtes højere end langsigtede bæredygtighedstiltag. Kommissionen understreger dog, at ikke at handle øger risikoen for strukturel tørke og miljøskader.
Alligevel virker Europa-Kommissionen fast besluttet på at gennemføre forslaget. Man henviser til tidligere løfter fra EU-landene om bedre miljøbeskyttelse, som hidtil er blevet utilstrækkeligt opfyldt. Det er endnu uklart i hvilken form forslaget endeligt bliver vedtaget. Det står dog klart, at vandforvaltning får en stadig højere prioritet på den brusselske dagsorden.