Kernen i den af Europa-Kommissionen foreslåede ordning er opdelingen af NGT-teknologier i to kategorier. Planter og naturlige fødevarer, hvis genetiske ændring også kan opstå ved naturlige mutationer, vil ikke længere blive klassificeret som genetisk modificerede fødevarer. Alle andre NGT-planter skal dog stadig falde ind under reglerne for genetisk modificerede organismer.
Den nu opnåede holdning blandt EU-landene indebærer endnu ikke en beslutning om at løse visse følsomme spørgsmål, såsom indførelsen af en 'meldingspligt' på etiketterne, hvis fødevaren er blevet behandlet med GMO-teknologi. EU-landene undgår denne beslutning ved at indføre mulighed for en opt-out, hvor tilladelsen af visse nye teknologier overlades til de enkelte lande.
Rådets kompromis giver EU-landene ret til at forbyde dyrkning af NGT-planter i den anden kategori på deres eget territorium. De kan også tage skridt til at forhindre udbredelsen af disse planter, både inden for deres egne grænser og på tværs af grænser. Tyskland er ikke enig i en sådan undtagelsesregel.
Kritik af den nu indtagne holdning fra et flertal af EU-landene kommer blandt andet fra grønne parlamentsmedlemmer i Europa-Parlamentet. Den tyske politiker Martin Häusling beskrev forslaget som ’radikal deregulering’ og kritiserede manglen på krav om mærkning, sporbarhed og ansvarlighed.
Med forhandlingsmandatet fra EU-landene kan trilogforhandlingerne med Europa-Parlamentet og Europa-Kommissionen nu begynde. Først når der opnås enighed mellem de tre institutioner, kan forordningen vedtages og træde i kraft.
Europa-Parlamentet har tidligere talt for strengere regulering, især inden for mærkning og patentrettigheder. Især økologisk landbrug og GMO-frie produktionssystemer risikerer at blive påvirket. Det nuværende Kommissionsforslag ophæver reglerne for sameksistens mellem økologisk og konventionelt landbrug med genetisk manipulation.