Biokraftstoffe werden als Alternative zu fossilen Brennstoffen betrachtet, um damit die Treibhausgase des Transport- und Verkehrssektors zu reduzieren. In den vergangenen zehn Jahren hat die EU etwa 430 Millionen Euro an Subventionen zur Förderung von Biokraftstoffen ausgegeben. Doch der Übergang von Laborforschung zur tatsächlichen Großserienproduktion ist nicht gelungen und kann noch viele Jahre dauern.
Eine lange Zeit vorherrschende Erwartung war, dass natürliche Produkte aus der Land- und Gartenwirtschaft Rohstoffe für neue, umweltfreundliche Kraftstoffe sein könnten. Bisher werden die derzeit produzierten Biokraftstoffe vor allem als Beimischung zu herkömmlichem Benzin, Diesel und Kerosin eingesetzt, und zwar nur in sehr begrenztem Umfang.
Außerdem begrenzt die Verfügbarkeit geeigneter Biomasse den Einsatz von Biokraftstoffen. Die Europäische Kommission erwartete, dass die Förderung und Nutzung von Biokraftstoffen die Energieunabhängigkeit der EU erhöhen würde. Tatsächlich werden jedoch viele Rohstoffe vor allem aus Drittländern importiert (z. B. der Import von gebrauchtem Back- und Bratöl aus China, dem Vereinigten Königreich, Malaysia und Indonesien).
Der Europäische Rechnungshof zieht die Schlussfolgerung, dass die europäische Politik es nicht schafft, die Produktion und Investitionen in diesem neuen Sektor anzukurbeln. So könnte die Luftfahrt ein Großverbraucher von Biokraftstoff werden, über die die EU bereits Beschlüsse gefasst hat. Dabei wurde das erforderliche Niveau nachhaltigen Flugkraftstoffs für 2030 auf 2,76 Millionen Tonnen Öläquivalent festgelegt, während die derzeitige potenzielle Produktionskapazität kaum ein Zehntel dieses Volumens erreicht.
Die Zukunft der Biokraftstoffe im Straßenverkehr ist in den letzten Jahren ebenfalls unsicher geworden. Der starke Fokus auf den Umstieg auf Elektroautos in Kombination mit dem Ausstieg aus Neuwagen mit Benzin- und Dieselmotoren im Jahr 2035 könnte bedeuten, dass Biokraftstoffe im EU-Straßenverkehr kaum noch großflächig eingesetzt werden können.