Nach Ansicht des Gerichts durfte die Ministerin gemäß europäischem Recht keine wirtschaftlichen Erwägungen einbeziehen (wie von den Bauern gefordert), sondern nur ökologische und naturwissenschaftliche. Das Gericht stellt fest, dass die Lebensräume bereits bei Einführung der Natura2000-Gesetzgebung aufgenommen wurden, deren natürlicher Zustand sich jedoch in den letzten Jahren verschlechtert haben könnte.
In diesem Fall könnte die Regierung sogar von der EU gerügt werden, falls das sogenannte Verschlechterungsverbot verletzt wird und die Ministerin dagegen nicht vorgeht.
Gegen den Beschluss der Ministerin wurden in den Niederlanden zahlreiche Berufungen bei verschiedenen Gerichten eingelegt. Das Gericht in Arnheim verhandelte Mitte März etwa 70 Fälle in mehreren Sitzungen. Die meisten Berufungen stammten von Bauernhöfen, die Angst vor den Folgen der Aktualisierung haben. Auch der Verein Leefmilieu reichte eine Stellungnahme ein, um eine Rücknahme des Schutzes der Natura 2000-Gebiete zu verhindern.
Das Gericht erklärt im Urteil, dass es versteht, dass sich die (Bauern-)Unternehmen Sorgen über die Auswirkungen dieses Beschlusses auf ihre Betriebe machen. Viele von ihnen hätten im Vorfeld nicht erkannt, dass die Ausweisung der Natura 2000-Gebiete solch eine große Wirkung entfalten würde.
Darüber hinaus empfinden die Bauernbetriebe derzeit enormen Druck aufgrund der Stickstoffproblematik und finden es unangemessen, dass vor allem der Agrarsektor scheinbar die Leidtragenden ist. Der umstrittene Änderungsbeschluss ist ein gutes Beispiel dafür, weil nun klar wird, dass zuvor festgelegte Natura 2000-Gebiete nachträglich angepasst werden können.
Im abschließenden Urteil bestätigt das Gericht den Regierungsbeschluss. Dies liegt daran, dass die Ministerin verpflichtet ist, gemäß europäischem Recht sicherzustellen, dass (der Schutz von) Lebensräumen und Arten in Natura 2000-Gebieten korrekt ist. Wenn auf Grundlage aktueller ökologischer Daten festgestellt wird, dass Arten oder Lebensräume nicht erfasst sind, ist die Ministerin verpflichtet, die frühere Ausweisung zu korrigieren.
Was die Ministerin allerdings zuvor hätte tun müssen, war die Habitatkartierung öffentlich zugänglich zu machen. Dies hat sie nicht getan. Dennoch ändert dies das Ergebnis der Verfahren nicht, da die Habitatkartierung in den Berufungsverfahren trotzdem verfügbar war und die Bauern somit mehr als ein Jahr Zeit hatten, darauf zu reagieren. Viele der (Bauern-)Betriebe haben dies nicht getan.