Kern des von der Europäischen Kommission vorgeschlagenen Regelwerks ist die Einteilung der NGT-Techniken in zwei Kategorien. Pflanzen und natürliche Lebensmittel, deren genetische Veränderung auch durch natürliche Mutation entstehen kann, werden nicht länger als gentechnisch veränderte Lebensmittel eingestuft. Alle anderen NGT-Pflanzen müssen jedoch weiterhin unter die Regeln für genetisch veränderte Organismen fallen.
Das aktuell erreichte Votum der EU-Länder löst jedoch noch keine Entscheidung zu einigen heiklen Punkten, wie etwa der Aufnahme einer „Meldepflicht“ auf den Etiketten, falls ein Lebensmittel mit Gentechnik bearbeitet wurde. Diese Entscheidung umgehen die EU-Länder, indem sie die Möglichkeit einer Opt-out-Regelung schaffen, bei der die Zulassung bestimmter neuer Techniken den einzelnen Ländern überlassen bleibt.
Der Kompromiss des Rates erlaubt den EU-Ländern, den Anbau von NGT-Pflanzen der zweiten Kategorie auf ihrem Gebiet zu verbieten. Sie können auch Maßnahmen ergreifen, um die Ausbreitung dieser Pflanzen sowohl innerhalb ihrer Grenzen als auch grenzüberschreitend zu verhindern. Deutschland ist mit einer solchen Ausnahmeregelung nicht einverstanden.

