Kern des von der Europäischen Kommission vorgeschlagenen Regelwerks ist die Einteilung der NGT-Techniken in zwei Kategorien. Pflanzen und natürliche Lebensmittel, deren genetische Veränderung auch durch natürliche Mutation entstehen kann, werden nicht länger als gentechnisch veränderte Lebensmittel eingestuft. Alle anderen NGT-Pflanzen müssen jedoch weiterhin unter die Regeln für genetisch veränderte Organismen fallen.
Das aktuell erreichte Votum der EU-Länder löst jedoch noch keine Entscheidung zu einigen heiklen Punkten, wie etwa der Aufnahme einer „Meldepflicht“ auf den Etiketten, falls ein Lebensmittel mit Gentechnik bearbeitet wurde. Diese Entscheidung umgehen die EU-Länder, indem sie die Möglichkeit einer Opt-out-Regelung schaffen, bei der die Zulassung bestimmter neuer Techniken den einzelnen Ländern überlassen bleibt.
Der Kompromiss des Rates erlaubt den EU-Ländern, den Anbau von NGT-Pflanzen der zweiten Kategorie auf ihrem Gebiet zu verbieten. Sie können auch Maßnahmen ergreifen, um die Ausbreitung dieser Pflanzen sowohl innerhalb ihrer Grenzen als auch grenzüberschreitend zu verhindern. Deutschland ist mit einer solchen Ausnahmeregelung nicht einverstanden.
Kritik an der derzeitigen Mehrheitshaltung der EU-Länder kommt unter anderem von Grünen-Abgeordneten im Europäischen Parlament. Der Deutsche Martin Häusling bezeichnete den Vorschlag als „radikale Deregulierung“ und kritisierte das Fehlen von Anforderungen im Bereich Kennzeichnung, Rückverfolgbarkeit und Haftung.
Mit dem Verhandlungsmandat der EU-Länder können nun die Trilogverhandlungen mit dem Europäischen Parlament und der Europäischen Kommission beginnen. Erst wenn eine Einigung zwischen den drei Institutionen erzielt wird, kann die Verordnung angenommen und in Kraft treten.
Das Europäische Parlament hatte sich bereits zuvor für strengere Regelungen ausgesprochen, insbesondere im Bereich der Kennzeichnung und des Patentrechts. Besonders der biologische Landbau und gentechnikfreie Produktionssysteme laufen Gefahr. Der aktuelle Kommissionsvorschlag hebt die Regelungen für das Nebeneinander von biologischer und konventioneller Landwirtschaft mit genetischer Manipulation auf.