Die Identität von dreizehn Zeugen im MH17-Verfahren wird geheim bleiben. Laut dem Ermittlungsrichter haben diese Zeugen Anspruch auf Schutz, da sie sich bedroht fühlen oder in Gefahr sein könnten. Das Ministerium für öffentliche Sicherheit spricht von „erheblichen Risiken für die Zeugen“.
Über den Status dieser „anonymen Zeugen“ wurde bislang wenig bekanntgegeben. So ist nicht klar, ob sie noch in der Ukraine oder Russland leben oder sich dort aufhalten, oder ob sie mit niederländischer Hilfe an anderer Stelle untergebracht wurden. Ihre Aussagen sind wesentlich für die Beweislast gegen die derzeit vier Beschuldigten und möglicherweise auch für zukünftige weitere Verdächtige.
Ebenso ist unklar, ob sie als „anonyme“ Zeugen denselben Schutz genießen wie Kronzeugen in regulären (großen) niederländischen Strafverfahren. Diese erhalten in manchen Fällen eine (erhebliche) finanzielle Entschädigung für Verdienstausfälle oder erlittene Schäden, oder sogar eine andere Identität und Bewachung.
Bemerkenswert ist, dass die meisten Zeugen, die Schutz erhalten, erst 2019 vernommen wurden. Dies geschah durch einen niederländischen Ermittlungsrichter („sondernden Richter“). Ihre Aussagen wurden auf Video aufgezeichnet, wobei die Zeugen unverwechselbar nicht zu sehen waren. Bei diesen Vernehmungen waren die drei niederländischen Staatsanwälte („die Ankläger“) und die Anwälte der Beschuldigten („die Verteidigung“) nicht anwesend.
Bei einem Zeugen wurde der Antrag, die Identität geheim zu halten, vom Gericht abgelehnt. Der Ermittlungsrichter hält es zwar für möglich, dass sich dieser Zeuge durch seine Aussage bedroht fühlen könnte, doch wäre es praktisch unmöglich, die Anonymität des Zeugen sicherzustellen. Was das im Einzelnen bedeutet und umfasst, ist noch nicht klar. Ebenso ist unklar, ob dieser eine Zeuge vor Gericht erscheinen muss.
Die drei Staatsanwälte haben das Gericht gebeten, eine „Zusammenfassung“ der Videovernehmung des Zeugen M58 anzufertigen. Dieser hat kürzlich selbst seine Identität preisgegeben, wird im Prozess aber weiterhin als anonymer Zeuge behandelt. Laut den Anklägern war der Beschuldigte selbst bei dem Abschuss der BUK-Rakete anwesend und hat mehrere russische Funktionäre gesehen und gesprochen.
Außerdem möchten die Ankläger fünf weitere anonyme Zeugen erneut befragen. Dies kann gegebenenfalls erneut anonym durch einen Ermittlungsrichter erfolgen, sofern die Ankläger und die Anwälte zuvor schriftlich Fragen einreichen. Dadurch könnte ein größerer Teil des zugrundeliegenden Beweismaterials dennoch öffentlich gemacht werden. Zudem kann damit der Vorwurf teilweise entkräftet werden, dass ein großer Teil des Beweismaterials anonym und damit „verdächtig“ sein könnte.
Auch die sieben Anwälte der Hinterbliebenen haben vor dem Gericht gefordert, einen größeren Teil des Beweismaterials öffentlich zugänglich zu machen. Dies soll trauernden Familienangehörigen eine bessere Einsicht geben, was genau an dem fatalen Datum des 17. Juli 2014 geschehen ist.
Das Ministerium für öffentliche Sicherheit möchte darüber hinaus, dass das MH17-Gericht am Flughafen Schiphol die nachgebaute Rekonstruktion des abgeschossenen malaysischen Flugzeugs begutachtet. Die Trümmer des im Osten der Ukraine abgeschossenen Flugzeugs wurden 2015 für die JIT-Ermittlung nach Niederlande gebracht und sind nun als halb zerlegtes Wrack in einem Hangar der Luftwaffenbasis Gilze-Rijen rekonstruiert.
Die drei Staatsanwälte unterbreiteten ihren Vorschlag für eine „Augenzeugenbegehung“ am zweiten Sitzungstag des Strafprozesses gegen die vier Beschuldigten. Nach Ansicht der Ankläger ist es wichtig, dass sich die Richter mit eigenen Augen „ein vollständiges Bild des Schadens machen“. Das Ministerium für öffentliche Sicherheit möchte, dass das Gericht kurzfristig entscheidet, ob eine Begehung stattfindet. Möglicherweise könnte diese im Juni erfolgen, wenn der zweite Teil des Prozesses beginnt. Ein drittes Sitzungsblock ist Anfang September vorgesehen, eine dritte Phase im Februar nächsten Jahres.