Der Widerstand kommt vor allem von Umweltorganisationen und kritischen Bürgern, die befürchten, dass der CSU-Politiker eine Agrarpolitik verfolgen wird, die schädlich für Klima und Biodiversität ist.
Felßner ist derzeit Vorsitzender des Bayerischen Bauernverbands und außerdem stellvertretender Vorsitzender des deutschen Bauernverbands auf Bundesebene. Seine engen Verbindungen zur Landwirtschaft und seine deutlichen Positionen machen ihn für einige zu einem kontroversen Kandidaten für das Ministeramt. Er wird vom konservativen bayerischen Ministerpräsidenten Markus Söder (CSU) unterstützt, der seinen Einfluss nutzt, um Felßner in das Kabinett des CDU-Vorsitzenden Friedrich Merz zu bringen.
Umweltorganisationen erklären, dass Felßner wissenschaftliche Erkenntnisse über die negativen Auswirkungen von Pestiziden und die klimatischen Folgen des Fleischkonsums ignoriere. Während eines CSU-Parteitags Anfang Februar stellte er wissenschaftliche Fakten zum Arten- und Klimaschutz infrage und bezeichnete die Reduzierung des Viehbestands als Sackgasse.
Im Jahr 2023 rief Felßner während einer Bauernversammlung dazu auf, „Fleisch für das Klima“ zu essen. Zudem drohte er als einer der Anführer der Bauernproteste, das Land lahmzulegen. Im Jahr 2018 wurde er wegen Boden- und Wasserverschmutzung verurteilt, da er über längere Zeit Wasser und Flüssigkeiten von seinem Hof in ein angrenzendes Naturschutzgebiet sickern ließ. Solche Äußerungen und Vorfälle haben seinen Ruf als Landwirtschaftsverwalter beschädigt.
Dennoch bleibt Felßner innerhalb der Bauernorganisationen beliebt, die seine Ernennung als Chance sehen, die deutsche Agrarpolitik stärker an den Interessen der Landwirtschaft auszurichten. Viele Landwirte sehen in ihm einen Verteidiger traditioneller Anbaumethoden und einen Gegner strenger Umweltauflagen, die sie als Bedrohung für ihre Betriebe ansehen.
Neben der Petition des Umweltinstituts München haben verschiedene Bürgerinitiativen und grüne Parteien ihre Bedenken gegen die mögliche Ernennung geäußert. Demonstrationen und Protestaktionen werden vorbereitet, um Druck auf CDU-Chef Friedrich Merz auszuüben, der letztlich über die Besetzung des Ministerpostens entscheidet. Der Widerstand gegen Felßner ist Teil eines größeren politischen Streits über die Zukunft der deutschen Landwirtschaft.
Friedrich Merz hat sich zu der Angelegenheit bislang noch nicht eindeutig geäußert. Innerhalb der CDU gibt es Uneinigkeit darüber, ob ein ausgeprägter Landwirtschaftslobbyist wie Felßner für das Ministeramt geeignet ist. Einige Parteimitglieder befürchten, dass seine Ernennung das Image der Partei als modern und klimaschonend beschädigen könnte, während andere ihn als starken Vertreter der agrarischen Basis sehen.