Στο επίκεντρο της κριτικής βρίσκεται η νέα νομική και οικονομική δομή της κοινής γεωργικής πολιτικής (ΚΓΠ). Για πρώτη φορά από το 1962 δεν θα υπάρχει ξεχωριστό αγροτικό ταμείο. Αντίθετα, τα χρήματα για τη γεωργία θα ενσωματωθούν σε ένα ευρύ ταμείο μέσα στον πολυετή προϋπολογισμό 2028 – 2034.
Αυτό το ταμείο, ύψους περίπου 865 δισεκατομμυρίων ευρώ, πρέπει να συγκεντρώσει διάφορα προγράμματα πολιτικής της ΕΕ σε εθνικά σχέδια ανά χώρα της ΕΕ. Σύμφωνα με το Ελεγκτικό Συνέδριο, αυτό αυξάνει την αβεβαιότητα για τον αγροτικό τομέα. Ο συνολικός προϋπολογισμός θα καθοριστεί οριστικά μόνο αφού εγκριθούν τα εθνικά σχέδια ανά χώρα από τις Βρυξέλλες.
Για τη γεωργία έχει γίνει πρόβλεψη για περικοπές δισεκατομμυρίων, καθώς η ΕΕ θέλει τα επόμενα χρόνια να διαθέσει επιπλέον κονδύλια για την ενίσχυση της ευρωπαϊκής οικονομίας και για την Άμυνα. Επιπλέον, δεκάδες δισεκατομμύρια για αγροτικά προγράμματα διατηρούνται ως «εφεδρεία». Τα κράτη μέλη της ΕΕ καλούνται να αυξήσουν τις συνεισφορές τους στη γεωργία, αλλά ο τομέας πρέπει να περιμένει αν αυτό θα συμβεί.
Ένα άλλο σημαντικό ζήτημα είναι η αυξημένη ευελιξία που παρέχεται στα κράτη μέλη της ΕΕ στις επιλογές και στον καθορισμό των εθνικών σχεδίων τους. Αν και η εξατομίκευση μπορεί να έχει πλεονεκτήματα, το Ελεγκτικό Συνέδριο προειδοποιεί ότι αυτό μπορεί να επηρεάσει τον κοινό χαρακτήρα της αγροτικής πολιτικής και να οδηγήσει σε παραμορφώσεις του ανταγωνισμού μεταξύ των κρατών μελών.
Η μεγαλύτερη αυτονομία των κρατών μελών στην αγροτική πολιτική έχει ξεκινήσει ήδη πριν από μερικά χρόνια με την εφαρμογή των λεγόμενων εθνικών στρατηγικών σχεδίων, εν μέρει κατόπιν πιέσεων από τους αγρότες και τις οργανώσεις τους που αντιστέκονται σε υπερβολικό έλεγχο από τις Βρυξέλλες.
Υπάρχει επίσης ασάφεια σχετικά με το ποιες δράσεις πρέπει να αξιολογούνται βάσει της πραγματικής παραγωγής και ποιες βάσει μαθηματικών οροσήμων ή θεωρητικών στόχων. Σύμφωνα με το Ελεγκτικό Συνέδριο, σε όλες τις περιπτώσεις πρέπει να διασφαλίζεται η λογοδοσία και η ιχνηλασιμότητα των επιδοτήσεων της ΕΕ μέχρι τους τελικούς δικαιούχους. Τα τελευταία χρόνια σε αρκετές χώρες της ΕΕ έχει αποκαλυφθεί ότι γίνονται παρατυπίες και απάτες σχετικά με τις ευρωπαϊκές αγροτικές επιδοτήσεις.
Η Επιτροπή υπερασπίζεται τις προτάσεις της και δηλώνει ότι η νέα δομή αποσκοπεί στη μείωση των διοικητικών βαρών για τους αγρότες και στην επιτάχυνση της οικονομικής στήριξης των γεωργών. Τον επόμενο χρόνο η πρακτική θα είναι ότι οι διαβουλεύσεις στις Βρυξέλλες για τη νέα αγροτική πολιτική θα συμπίπτουν με τις διαπραγματεύσεις για τον νέο πολυετή προϋπολογισμό.