Τα βιοκαύσιμα θεωρούνται εναλλακτική λύση στα ορυκτά καύσιμα, με στόχο τη μείωση των αερίων του θερμοκηπίου στον τομέα των μεταφορών. Τα τελευταία δέκα χρόνια, η ΕΕ έχει δαπανήσει περίπου 430 εκατομμύρια ευρώ για την προώθηση των βιοκαυσίμων. Ωστόσο, η μετάβαση από την εργαστηριακή έρευνα στην παραγωγή σε μεγάλη κλίμακα δεν έχει απογειωθεί και μπορεί να διαρκέσει πολλά χρόνια ακόμη.
Για μεγάλο διάστημα υπήρχε η προσδοκία ότι τα φυσικά προϊόντα από τη γεωργία και τη δενδροκομία θα μπορούσαν να αποτελέσουν πρώτες ύλες για νέα, φιλικά προς το περιβάλλον καύσιμα. Μέχρι στιγμής, τα παραγόμενα βιοκαύσιμα χρησιμοποιούνται κυρίως ως πρόσμιξη σε συμβατική βενζίνη, ντίζελ και κηροζίνη, και μόνο σε πολύ περιορισμένο βαθμό.
Επιπλέον, η διαθεσιμότητα κατάλληλης βιομάζας περιορίζει τη χρήση βιοκαυσίμων. Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή ανέμενε ότι η προώθηση και η χρήση βιοκαυσίμων θα ενίσχυαν την ενεργειακή ανεξαρτησία της ΕΕ. Στην πραγματικότητα, πολλές πρώτες ύλες εισάγονται κυρίως από τρίτες χώρες (π.χ. εισαγωγή αποθεμάτων τηγανέλαιου από την Κίνα, το Ηνωμένο Βασίλειο, τη Μαλαισία και την Ινδονησία).
Το Ευρωπαϊκό Ελεγκτικό Συνέδριο καταλήγει στο συμπέρασμα ότι η ευρωπαϊκή πολιτική δεν καταφέρνει να κινητοποιήσει την παραγωγή και τις επενδύσεις σε αυτόν τον νέο τομέα. Για παράδειγμα, η αεροπορία θα μπορούσε να καταναλώσει μεγάλες ποσότητες βιοκαυσίμων, για τα οποία η ΕΕ έχει ήδη λάβει αποφάσεις. Έχει οριστεί ότι το απαιτούμενο επίπεδο βιώσιμου αεροπορικού καυσίμου για το 2030 θα είναι 2,76 εκατομμύρια τόνοι ισοδύναμου πετρελαίου, ενώ η σημερινή δυνητική παραγωγική ικανότητα είναι μόλις το ένα δέκατο αυτής της ποσότητας.
Το μέλλον των βιοκαυσίμων στις οδικές μεταφορές έχει γίνει επίσης αβέβαιο τα τελευταία χρόνια. Η ισχυρή προώθηση της μετάβασης στα ηλεκτρικά οχήματα, σε συνδυασμό με το τέλος νέων βενζινοκίνητων και ντιζελοκίνητων οχημάτων το 2035, μπορεί να σημαίνει ότι τα βιοκαύσιμα θα έχουν πολύ περιορισμένη εφαρμογή σε μεγάλη κλίμακα στις οδικές μεταφορές της ΕΕ.