Οι κύριες πηγές ρύπανσης είναι τα λιπάσματα και οι χημικές ουσίες από τη γεωργία, που μολύνουν το νερό με θρεπτικά στοιχεία όπως το άζωτο και ο φώσφορος, οδηγώντας σε ευτροφισμό. Επιπλέον, τα βιομηχανικά απόβλητα συμβάλλουν στη χημική ρύπανση των ποταμών, λιμνών και παράκτιων υδάτων.
Επίσης, δομικές αλλαγές στους υδάτινους δρόμους, όπως φράγματα και καναλισμοί, έχουν συμβάλει στη μείωση της οικολογικής κατάστασης, όπως προκύπτει από νέα έκθεση του Ευρωπαϊκού Οργανισμού Περιβάλλοντος.
Τα επιφανειακά ύδατα θεωρούνται κρίσιμα για τη διατήρηση της βιοποικιλότητας, αλλά σε πολλές περιοχές της Βορειοδυτικής Ευρώπης (συμπεριλαμβανομένων του Βελγίου, Ολλανδίας και Γερμανίας), η ποιότητα άνω του 90% των υδάτινων σωμάτων περιγράφεται ως μέτρια, κακή ή πολύ κακή.
Η επικείμενη αναθεώρηση των ευρωπαϊκών οδηγιών για τη ρύπανση εδαφών και την αντιμετώπιση της έκπλυσης χημικών ουσιών είναι επομένως ζωτικής σημασίας. Αυτή η αναθεώρηση της Οδηγίας Πλαισίου πρέπει να βελτιώσει όχι μόνο την ποιότητα του νερού αλλά και να αποκαταστήσει την υγεία των οικοσυστημάτων.
Πέρα από την απειλή της ρύπανσης των επιφανειακών υδάτων, η Ευρώπη πρέπει επίσης να λάβει υπόψη τις κλιματικές αλλαγές, που αυξάνουν την πίεση στην ασφάλεια ύδατος. Η αύξηση των θερμοκρασιών, οι αλλαγές στα πρότυπα βροχόπτωσης και οι περίοδοι ξηρασίας οδήγησαν σε αύξηση της υδατικής καταπόνησης σε διάφορες περιοχές, κυρίως στη Νότια Ευρώπη. Υδάτινα σώματα όπως ποτάμια και λίμνες μολύνονται πιο γρήγορα εκεί, επιδεινώνοντας περαιτέρω την ποιότητα του νερού.