Οι κύριες πηγές ρύπανσης είναι τα λιπάσματα και οι χημικές ουσίες από τη γεωργία, που μολύνουν το νερό με θρεπτικά στοιχεία όπως το άζωτο και ο φώσφορος, οδηγώντας σε ευτροφισμό. Επιπλέον, τα βιομηχανικά απόβλητα συμβάλλουν στη χημική ρύπανση των ποταμών, λιμνών και παράκτιων υδάτων.
Επίσης, δομικές αλλαγές στους υδάτινους δρόμους, όπως φράγματα και καναλισμοί, έχουν συμβάλει στη μείωση της οικολογικής κατάστασης, όπως προκύπτει από νέα έκθεση του Ευρωπαϊκού Οργανισμού Περιβάλλοντος.
Τα επιφανειακά ύδατα θεωρούνται κρίσιμα για τη διατήρηση της βιοποικιλότητας, αλλά σε πολλές περιοχές της Βορειοδυτικής Ευρώπης (συμπεριλαμβανομένων του Βελγίου, Ολλανδίας και Γερμανίας), η ποιότητα άνω του 90% των υδάτινων σωμάτων περιγράφεται ως μέτρια, κακή ή πολύ κακή.