Σύμφωνα με το δικαστήριο, η υπουργός δεν επιτρεπόταν, βάσει της ευρωπαϊκής νομοθεσίας, να λαμβάνει υπόψη οικονομικές παραμέτρους (όπως ζητούσαν οι αγρότες), αλλά μόνο οικολογικές και φυσιολογικές. Το δικαστήριο αποφάνει ότι οι οικοτόποι είχαν ήδη συμπεριληφθεί με την εφαρμογή της νομοθεσίας Natura2000, ωστόσο η φυσική τους κατάσταση μπορεί να έχει επιδεινωθεί τα τελευταία χρόνια.
Σε αυτή την περίπτωση, η κυβέρνηση θα μπορούσε ακόμη και να κατηγορηθεί από την ΕΕ αν παραβιαζόταν η απαγόρευση επιδείνωσης της κατάστασης και η υπουργός δεν αντιδρούσε.
Κατά της απόφασης της υπουργού υποβλήθηκαν σε όλη την Ολλανδία πολλοί ενδικοφανείς προσφυγές σε διάφορα δικαστήρια. Το δικαστήριο στο Άρνεμ χειρίστηκε στα μέσα Μαρτίου περίπου 70 υποθέσεις σε αρκετές συνεδριάσεις. Οι περισσότερες προσφυγές υποβλήθηκαν από γεωργικές επιχειρήσεις που ανησυχούν για τις συνέπειες της επικαιροποίησης. Επίσης, ο Σύλλογος Περιβαλλοντικής Ζωής (Vereniging Leefmilieu) κατέθεσε αντίδραση για να αποτρέψει την ανατροπή της προστασίας των περιοχών Natura 2000.
Στην απόφασή του, το δικαστήριο αναγνωρίζει ότι οι (γεωργικές) επιχειρήσεις ανησυχούν για τον αντίκτυπο αυτής της απόφασης στις επιχειρήσεις τους. Πολλές από αυτές δηλώνουν ότι δεν είχαν αντιληφθεί εκ των προτέρων ότι ο χαρακτηρισμός των περιοχών Natura 2000 θα είχε τόσο μεγάλο αντίκτυπο.
Επιπλέον, οι αγροτικές επιχειρήσεις αντιμετωπίζουν αυτήν την περίοδο τεράστια πίεση λόγω των θεμάτων αζώτου και θεωρούν άδικο το γεγονός ότι κυρίως ο γεωργικός τομέας φαίνεται να υποφέρει. Η αμφιλεγόμενη απόφαση τροποποίησης αποτελεί καλό παράδειγμα, διότι πλέον αποδεικνύεται ότι οι περιοχές Natura 2000, που έχουν προηγουμένως χαρακτηριστεί, μπορούν να προσαρμοστούν εκ των υστέρων.
Στην τελική απόφασή του, το δικαστήριο διατηρεί την κυβερνητική απόφαση. Αυτό οφείλεται στο ότι η υπουργός είναι υποχρεωμένη από το ευρωπαϊκό δίκαιο να εξασφαλίσει ότι η (προστασία των) οικοτόπων και ειδών στις περιοχές Natura 2000 είναι σωστή. Αν, βάσει των ενημερωμένων οικολογικών δεδομένων, αποδειχτεί ότι κάποια είδη ή οικοτόποι δεν είχαν συμπεριληφθεί, η υπουργός υποχρεούται να διορθώσει αυτήν την προηγούμενη ένδειξη.
Αυτό που η υπουργός θα έπρεπε να είχε κάνει νωρίτερα είναι να θέσει τους χάρτες τύπων οικοτόπων σε δημόσια διαβούλευση. Αυτό δεν έγινε. Ωστόσο, αυτό δεν αλλάζει το αποτέλεσμα των υποθέσεων, καθώς οι χάρτες τύπων οικοτόπων ήταν τελικά διαθέσιμοι στις προσφυγές, δίνοντας στους αγρότες περισσότερο από έναν χρόνο να αντιδράσουν. Πολλές από τις (γεωργικές) επιχειρήσεις δεν έπραξαν κάτι τέτοιο.