Ο πυρήνας του κανονισμού που προτείνει η Ευρωπαϊκή Επιτροπή είναι η κατηγοριοποίηση των τεχνικών NGT σε δύο κατηγορίες. Τα φυτά και τα φυσικά τρόφιμα των οποίων η γενετική αλλαγή μπορεί να προκύψει επίσης μέσω φυσικής μετάλλαξης δεν κατατάσσονται πλέον ως γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα. Ωστόσο, όλα τα άλλα φυτά NGT πρέπει ακόμα να υπάγονται στους κανόνες για τους γενετικά τροποποιημένους οργανισμούς.
Αλλά η θέση που επιτεύχθηκε τώρα από τα κράτη μέλη της ΕΕ δεν λαμβάνει ακόμη απόφαση για την επίλυση ορισμένων αμφιλεγόμενων ζητημάτων, όπως η εισαγωγή της «υποχρέωσης γνωστοποίησης» στις ετικέτες όταν ένα τρόφιμο έχει υποστεί επεξεργασία με τεχνική GMO. Τα κράτη μέλη της ΕΕ αποφεύγουν αυτή την επιλογή ενσωματώνοντας τη δυνατότητα εξαίρεσης (opt-out), παραχωρώντας δηλαδή στις ίδιες τις χώρες την απόφαση σχετικά με την έγκριση ορισμένων νέων τεχνικών.
Η συμφωνία του Συμβουλίου επιτρέπει στα κράτη μέλη της ΕΕ να απαγορεύσουν την καλλιέργεια των φυτών NGT της δεύτερης κατηγορίας στο έδαφός τους. Μπορούν επίσης να λάβουν μέτρα για την αποτροπή της διάδοσης αυτών των φυτών, τόσο εντός των συνόρων τους όσο και πέρα από αυτά. Η Γερμανία διαφωνεί με έναν τέτοιο κανόνα εξαίρεσης.