Ο πυρήνας του κανονισμού που προτείνει η Ευρωπαϊκή Επιτροπή είναι η κατηγοριοποίηση των τεχνικών NGT σε δύο κατηγορίες. Τα φυτά και τα φυσικά τρόφιμα των οποίων η γενετική αλλαγή μπορεί να προκύψει επίσης μέσω φυσικής μετάλλαξης δεν κατατάσσονται πλέον ως γενετικά τροποποιημένα τρόφιμα. Ωστόσο, όλα τα άλλα φυτά NGT πρέπει ακόμα να υπάγονται στους κανόνες για τους γενετικά τροποποιημένους οργανισμούς.
Αλλά η θέση που επιτεύχθηκε τώρα από τα κράτη μέλη της ΕΕ δεν λαμβάνει ακόμη απόφαση για την επίλυση ορισμένων αμφιλεγόμενων ζητημάτων, όπως η εισαγωγή της «υποχρέωσης γνωστοποίησης» στις ετικέτες όταν ένα τρόφιμο έχει υποστεί επεξεργασία με τεχνική GMO. Τα κράτη μέλη της ΕΕ αποφεύγουν αυτή την επιλογή ενσωματώνοντας τη δυνατότητα εξαίρεσης (opt-out), παραχωρώντας δηλαδή στις ίδιες τις χώρες την απόφαση σχετικά με την έγκριση ορισμένων νέων τεχνικών.
Η συμφωνία του Συμβουλίου επιτρέπει στα κράτη μέλη της ΕΕ να απαγορεύσουν την καλλιέργεια των φυτών NGT της δεύτερης κατηγορίας στο έδαφός τους. Μπορούν επίσης να λάβουν μέτρα για την αποτροπή της διάδοσης αυτών των φυτών, τόσο εντός των συνόρων τους όσο και πέρα από αυτά. Η Γερμανία διαφωνεί με έναν τέτοιο κανόνα εξαίρεσης.
Κριτική στη θέση που υιοθέτησε η πλειοψηφία των κρατών μελών της ΕΕ προέρχεται, μεταξύ άλλων, από ευρωβουλευτές των Πρασίνων στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο. Ο Γερμανός Μάρτιν Χάουσλιγκ χαρακτήρισε την πρόταση «ριζική απορρύθμιση» και επέκρινε την έλλειψη απαιτήσεων σχετικά με την επισήμανση, την ιχνηλασιμότητα και την ευθύνη.
Με την εντολή διαπραγμάτευσης των κρατών μελών της ΕΕ μπορούν τώρα να ξεκινήσουν οι τριμερείς διαπραγματεύσεις με το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο και την Ευρωπαϊκή Επιτροπή. Μόνο όταν επιτευχθεί συμφωνία μεταξύ των τριών θεσμών, ο κανονισμός μπορεί να υιοθετηθεί και να τεθεί σε ισχύ.
Το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο έχει προηγουμένως υποστηρίξει αυστηρότερη νομοθεσία, ιδιαίτερα στον τομέα της επισήμανσης και των δικαιωμάτων ευρεσιτεχνίας. Ιδιαίτερα ο βιολογικός γεωργικός τομέας και τα συστήματα παραγωγής χωρίς GMO διατρέχουν κίνδυνο. Η τρέχουσα πρόταση της Επιτροπής καταργεί τους κανόνες για τη συνύπαρξη βιολογικής και συμβατικής γεωργίας με γενετικό χειρισμό.