Πρωτίστως, η χρήση χημικών στην γεωργία βρίσκεται υπό αυστηρή κριτική.
Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή αναφέρει ότι τα υφιστάμενα μέτρα κατά της ρύπανσης των υδάτων είναι ανεπαρκή. Σύμφωνα με πολλές μελέτες, τα νιτρικά και άλλα γεωργικά χημικά αποτελούν σημαντικές αιτίες της κακής ποιότητας του νερού. Ιδιαίτερα σε περιοχές με εντατική γεωργία, τα ποτάμια, οι λίμνες και τα υπόγεια νερά είναι σοβαρά μολυσμένα.
Για αυτό το λόγο, η Επιτροπή θέλει να ενισχύσει την υφιστάμενη Οδηγία για τα Νιτρικά. Στην πρόταση περιλαμβάνεται, μεταξύ άλλων, η μείωση της κατανάλωσης νερού κατά δέκα τοις εκατό έως το 2030. Η Επιτροπή επισημαίνει τα αυξανόμενα προβλήματα ξηρασίας στην Ευρώπη και προειδοποιεί για πιθανές επιπτώσεις στην επισιτιστική ασφάλεια και τη βιοποικιλότητα.
Η πρόταση θεωρείται, σύμφωνα με διάφορες πηγές, αμφιλεγόμενη στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο. Ιδιαίτερα στην επιτροπή γεωργίας και στους αγροτικούς φορείς αναμένεται έντονη αντίσταση. Φοβούνται ότι αυστηρότεροι περιβαλλοντικοί κανόνες θα επιβαρύνουν τους αγρότες και θα πιέσουν την παραγωγή τροφίμων.
Ένα ακόμα σημείο διαφωνίας είναι η πολιτική ευαισθησία γύρω από τις περιβαλλοντικές και κλιματικές νομοθεσίες του Πράσινου Συμφώνου. Σύμφωνα με το Politico, μέλη της Ευρωπαϊκής Λαϊκής Παράταξης (ΕΛΚ), της μεγαλύτερης κοινοβουλευτικής ομάδας στο Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, απαίτησαν να αφαιρεθεί κάθε αναφορά στο Πράσινο Σύμφωνο από το σχέδιο έκθεσης για τη διαχείριση υδάτων – ακόμα και η λέξη «Green Deal» να μην αναφέρεται.
Η κριτική από το κοινοβούλιο δεν περιορίζεται μόνο στο περιεχόμενο. Σύμφωνα με αναφορές, υπάρχουν επίσης αντιρρήσεις για την επικοινωνία της Ευρωπαϊκής Επιτροπής: παρουσιάζει τις προτάσεις ως τεχνικές και αναγκαίες, ενώ οι επιπτώσεις στη γεωργία και την οικονομία είναι πολιτικά φορτισμένες.
Πολλές πηγές εντοπίζουν μια αυξανόμενη τάση όπου τα βραχυπρόθεσμα συμφέροντα, όπως η οικονομική ανάπτυξη και η επισιτιστική παροχή, φαίνεται να υπερισχύουν των μακροπρόθεσμων μέτρων για τη βιωσιμότητα. Ωστόσο, η Επιτροπή τονίζει ότι η αδράνεια αυξάνει τον κίνδυνο δομικής ξηρασίας και περιβαλλοντικής ζημιάς.
Παρόλα αυτά, η Ευρωπαϊκή Επιτροπή φαίνεται αποφασισμένη να προωθήσει την πρόταση. Υπογραμμίζεται ότι τα κράτη μέλη της ΕΕ έχουν ήδη δώσει υποσχέσεις για καλύτερη προστασία του περιβάλλοντος, οι οποίες μέχρι στιγμής δεν έχουν επαρκώς τηρηθεί. Δεν είναι ακόμη σαφές με ποια μορφή θα εγκριθεί τελικά η πρόταση. Είναι όμως ξεκάθαρο ότι η διαχείριση των υδάτων αναβαθμίζεται όλο και περισσότερο στην ατζέντα των Βρυξελλών.