Según el tribunal, la ministra no debía tener en cuenta consideraciones económicas (como exigían los agricultores), sino únicamente aspectos ecológicos y naturales conforme a la legislación europea. El tribunal determina que los hábitats ya estaban incluidos en la legislación Natura2000 cuando se introdujo, pero que su estado natural podría haberse deteriorado en los últimos años.
En ese caso, el gobierno podría incluso ser sancionado por la UE si se viola la llamada prohibición de deterioro y la ministra no actuara al respecto.
Contra la decisión de la ministra se presentaron numerosos recursos en los tribunales de toda Holanda. El tribunal de Arnhem trató a mediados de marzo unos 70 casos en varias sesiones. La mayoría de los recursos fueron presentados por explotaciones agrícolas preocupadas por las repercusiones de la actualización. También la Asociación Leefmilieu presentó una respuesta para evitar que se revierta la protección de las zonas Natura2000.
El tribunal reconoce en la sentencia que las empresas (agrícolas) están preocupadas por el impacto de esta decisión en sus negocios. Muchas de ellas indican que no eran conscientes de que la designación de las zonas Natura2000 tendría un impacto tan grande.
Además, las explotaciones agrícolas sienten actualmente una enorme presión debido al problema del nitrógeno y consideran injusto que el sector agrícola sea el principal afectado. La controvertida decisión de modificación es un buen ejemplo de ello, porque ahora se ve que las zonas Natura2000 designadas anteriormente pueden modificarse posteriormente.
En la sentencia final, el tribunal mantiene la decisión gubernamental. Esto se debe a que la ministra está obligada por el derecho europeo a garantizar que la protección de hábitats y especies en las zonas Natura2000 sea adecuada. Si los datos ecológicos actuales demuestran que ciertas especies o hábitats no estaban incluidos, la ministra debe corregir esa designación previa.
Lo que la ministra sí debería haber hecho antes es poner a disposición para consulta los mapas de tipos de hábitats. No lo hizo. Sin embargo, esto no cambia el resultado de los casos, pues estos mapas estuvieron disponibles durante los recursos, lo que permitió a los agricultores responder durante más de un año. Muchas de las explotaciones no lo hicieron.