Las principales fuentes de contaminación son los fertilizantes y productos químicos provenientes de la agricultura, que contaminan el agua con nutrientes como nitrógeno y fósforo, provocando eutrofización. Además, las aguas residuales industriales contribuyen a la contaminación química de ríos, lagos y aguas costeras.
También los cambios estructurales en las vías fluviales, como presas y canalización, han contribuido al deterioro ecológico, según un nuevo informe de la Agencia Europea del Medio Ambiente.
Las aguas superficiales son consideradas cruciales para la conservación de la biodiversidad, pero en muchas regiones del noroeste de Europa (incluidos Bélgica, Países Bajos y Alemania), la calidad de más del 90 % de los cuerpos de agua se describe como moderada, mala o muy mala.

