مهم‌ترین منابع آلودگی شامل کودها و مواد شیمیایی کشاورزی هستند که آب را با مواد مغذی مانند نیتروژن و فسفر آلوده می‌کنند و منجر به فرایند یوتروفیکاسیون می‌شوند. همچنین، آب‌های زائد صنعتی به آلودگی شیمیایی رودخانه‌ها، دریاچه‌ها و آب‌های ساحلی کمک می‌کنند.
همچنین تغییرات ساختاری در راه‌های آبی مانند سدها و کانالیزاسیون به کاهش شرایط اکولوژیکی کمک کرده است، همانطور که در گزارش جدید آژانس محیط زیست اتحادیه اروپا آمده است.
آب‌های سطحی برای حفظ تنوع زیستی حیاتی شناخته می‌شوند، اما در بسیاری از مناطق شمال غرب اروپا (از جمله بلژیک، هلند و آلمان)، کیفیت بیش از ۹۰٪ از منابع آبی به عنوان متوسط، ضعیف یا بسیار ضعیف توصیف شده است.