핵심 است که توسط کمیسیون اروپا پیشنهاد شده، تقسیم تکنولوژیهای NGT به دو دسته است. گیاهان و مواد غذایی طبیعی که تغییر ژنتیکی آنها میتواند به طور طبیعی توسط جهشهای طبیعی رخ دهد، دیگر به عنوان غذای دستکاری ژنتیکی شده طبقهبندی نمیشوند. اما همه گیاهان NGT دیگر همچنان باید تحت قوانین مربوط به موجودات دستکاری ژنتیکی شده قرار بگیرند.
اما موضع فعلی کشورهای اتحادیه اروپا هنوز انتخابی برای حل چند نکته حساس نکرده است، مانند الزام به «اعلام» در برچسبها اگر غذا با تکنولوژی GMO پردازش شده باشد. کشورهای اتحادیه اروپا این انتخاب را با ایجاد امکان لغو تعهد («opt-out») نادیده میگیرند، که اجازه میدهد پذیرش برخی از تکنیکهای جدید به عهده خود کشورها گذاشته شود.
سازش شورای اتحادیه اروپا به کشورهای عضو اجازه میدهد کشت گیاهان NGT از دسته دوم را در قلمرو خود ممنوع کنند. آنها همچنین میتوانند اقداماتی برای جلوگیری از انتشار این گیاهان، هم در داخل مرزهای خود و هم فراتر از آن، انجام دهند. آلمان با چنین قاعده استثنایی موافق نیست.
انتقاداتی به موضع فعلی اکثریت کشورهای اتحادیه اروپا، از جمله از سوی نمایندگان سبز پارلمان اروپا مطرح شده است. آلمانی، مارتین هاوسلینگ، این پیشنهاد را «لغو مقررات رادیکال» خواند و نبود الزامات در زمینه برچسبگذاری، ردیابی و مسئولیت پذیری را نقد کرد.
با داشتن مجوز مذاکره از کشورهای اتحادیه اروپا، اکنون مذاکرات مثلثی با پارلمان اروپا و کمیسیون اروپا میتواند آغاز شود. تنها پس از رسیدن به توافق بین سه نهاد، این مقرره میتواند تصویب و اجرایی شود.
پارلمان اروپا پیشتر خواستار مقررات سختگیرانهتر، به ویژه در زمینه برچسبگذاری و حقوق پتنت شده بود. عمدتاً کشاورزی ارگانیک و سیستمهای تولید بدون GMO در خطر هستند. پیشنهاد فعلی کمیسیون قواعد مربوط به همزیستی کشاورزی ارگانیک و معمولی با دستکاری ژنتیکی را لغو میکند.