Erityisesti maataloudessa käytettävien kemikaalien käyttöä kritisoidaan.
Euroopan komissio katsoo, että nykyiset veden saastumista ehkäisevät toimenpiteet ovat riittämättömiä. Useiden tutkimusten mukaan nitraatti ja muut maatalouden kemikaalit ovat merkittäviä huonon vedenlaadun syitä. Erityisesti alueilla, joilla on intensiivistä maataloutta, joet, järvet ja pohjavesi ovat vakavasti saastuneita.
Tämän vuoksi komissio haluaa tiukentaa nykyistä Nitraattidirektiiviä. Ehdotuksessa vaaditaan muun muassa vedenkulutuksen vähentämistä kymmenellä prosentilla vuoteen 2030 mennessä. Komissio tuo esiin Euroopan lisääntyvät kuivuusongelmat ja varoittaa mahdollisista vaikutuksista ruoan saatavuuteen ja biologiseen monimuotoisuuteen.
Ehdotus on useiden lähteiden mukaan kiistanalainen Euroopan parlamentissa. Erityisesti maatalousvaliokunnassa ja maatalousjärjestöjen keskuudessa odotetaan kovaa vastustusta. He pelkäävät, että tiukemmat ympäristösäännöt käyvät viljelijöiden ja elintarviketuotannon kustannuksella.
Toinen kiistakysymys on ympäristö- ja ilmastolakeihin liittyvät poliittiset herkkyydet Green Deal -aloitteen osalta. Politicon mukaan Euroopan parlamentin suurimman ryhmän, EPP:n jäsenet ovat vaatineet, että vesienhallintaa koskevasta luonnosraportista poistetaan kaikki viittaukset Green Dealiin – jopa sanaa "Green Deal" ei saa mainita.
Parlamentin kritiikki ei kohdistu vain asiaan itseensä. Raporttien mukaan on myös vastustusta Euroopan komission viestintään: komissio esittäisi ehdotuksensa teknisinä ja välttämättöminä, vaikka niiden vaikutukset maatalouteen ja talouteen ovat poliittisesti herkkiä.
Useat lähteet ovat havainneet kasvavaa trendiä, jossa lyhyen aikavälin edut, kuten talouskasvu ja ruoan saanti, näyttävät painavan enemmän kuin pitkäaikaiset kestävän kehityksen toimenpiteet. Komissio korostaa kuitenkin, että tekemättä jättäminen lisää rakenteellisen kuivuuden ja ympäristövahinkojen riskiä.
Siitä huolimatta Euroopan komissio vaikuttaa päättäväiseltä jatkamaan ehdotuksen eteenpäin viemistä. Viitataan EU-maiden aiemmin antamiin sitoumuksiin paremmasta ympäristönsuojelusta, joita ei ole tähän mennessä täysimääräisesti toteutettu. On vielä epäselvää, millaisessa muodossa ehdotus lopulta hyväksytään. On kuitenkin selvää, että vesienhallinta nousee yhä korkeammalle Brysselin agendalla.