Euroopan komission ehdotuksen ytimenä on NGT-tekniikoiden jakaminen kahteen kategoriaan. Kasvit ja luonnolliset elintarvikkeet, joiden geneettinen muutos voi syntyä myös luonnollisen mutaation kautta, eivät enää lukeudu geneettisesti muokatuiksi elintarvikkeiksi. Kaikkien muiden NGT-kasvien on kuitenkin edelleen kuuluttava geneettisesti muokattuja organismeja koskevien sääntöjen piiriin.
EU-maiden nyt saavuttama kanta ei kuitenkaan tee päätöstä ratkaistakseen joitain kiistanalaisia kohtia, kuten pakollista ilmoitusvelvollisuutta merkinnöissä, mikäli ruoka on käsitelty GMO-tekniikalla. EU-maat välttävät tätä päätöstä sisällyttämällä opt-out-mahdollisuuden, jonka avulla joidenkin uusien tekniikoiden hyväksyminen jätetään jäsenmaiden itsensä päätettäväksi.
Neuvoston kompromissi sallii EU-maiden kieltää toisen kategorian NGT-kasvien viljelyn omalla alueellaan. Ne voivat myös ryhtyä toimiin näiden kasvien leviämisen estämiseksi niin omien rajojensa sisällä kuin niiden ulkopuolellakin. Saksa ei kuitenkaan hyväksy tällaista poikkeussääntöä.
EU-maiden enemmistön tällä hetkellä omaksumaa kantaa on muun muassa Euroopan parlamentin vihreiden europarlamentaarikkojen kritisoima. Saksalainen Martin Häusling kuvasi ehdotusta "radikaaliksi deregulaatioksi" ja arvosteli etikettien, jäljitettävyyden sekä vastuukysymysten vaatimusten puuttumista.
EU-maiden neuvotteluvaltuuksien myötä trilogianeuvottelut Euroopan parlamentin ja Euroopan komission kanssa voivat nyt alkaa. Vasta kun kolmen toimielimen välillä saavutetaan yhteisymmärrys, asetuksesta voidaan äänestää ja se voi tulla voimaan.
Euroopan parlamentti on aiemmin kannattanut tiukempaa sääntelyä, erityisesti merkintöjen ja patenttioikeuden osalta. Erityisesti luomuviljely ja GMO-vapaat tuotantojärjestelmät ovat vaarassa. Nykyinen komission ehdotus kumoaa säännöt, jotka mahdollistavat luomuviljelyn ja tavanomaisen viljelyn rinnakkaiselon geneettisen manipuloinnin kanssa.