Euroopan komission ehdotuksen ytimenä on NGT-tekniikoiden jakaminen kahteen kategoriaan. Kasvit ja luonnolliset elintarvikkeet, joiden geneettinen muutos voi syntyä myös luonnollisen mutaation kautta, eivät enää lukeudu geneettisesti muokatuiksi elintarvikkeiksi. Kaikkien muiden NGT-kasvien on kuitenkin edelleen kuuluttava geneettisesti muokattuja organismeja koskevien sääntöjen piiriin.
EU-maiden nyt saavuttama kanta ei kuitenkaan tee päätöstä ratkaistakseen joitain kiistanalaisia kohtia, kuten pakollista ilmoitusvelvollisuutta merkinnöissä, mikäli ruoka on käsitelty GMO-tekniikalla. EU-maat välttävät tätä päätöstä sisällyttämällä opt-out-mahdollisuuden, jonka avulla joidenkin uusien tekniikoiden hyväksyminen jätetään jäsenmaiden itsensä päätettäväksi.
Neuvoston kompromissi sallii EU-maiden kieltää toisen kategorian NGT-kasvien viljelyn omalla alueellaan. Ne voivat myös ryhtyä toimiin näiden kasvien leviämisen estämiseksi niin omien rajojensa sisällä kuin niiden ulkopuolellakin. Saksa ei kuitenkaan hyväksy tällaista poikkeussääntöä.

