Biopolttoaineita pidetään vaihtoehtona fossiilisille polttoaineille, joiden avulla pyritään vähentämään liikenteen ja kuljetussektorin kasvihuonekaasuja. Viimeisen kymmenen vuoden aikana EU on käyttänyt noin 430 miljoonaa euroa biopolttoaineiden edistämiseen. Kuitenkin siirtymä laboratoriotutkimuksesta todelliseen suurteolliseen tuotantoon ei ole käynnistynyt, ja se voi kestää vielä useita vuosia.
Yksi pitkään vallinneista odotuksista oli, että maatalouden ja puutarhanhoidon luonnontuotteet voisivat toimia raaka-aineina uusille, luonnonmukaisille polttoaineille. Toistaiseksi tuotettuja biopolttoaineita käytetään pääasiassa tavallisen bensiinin, dieselin ja lentopetroolin lisäaineina, ja vielä vain erittäin pienissä määrin.
Lisäksi sopivan biomassan saatavuus rajoittaa biopolttoaineiden käyttöä. Euroopan komissio odotti, että biopolttoaineiden edistäminen ja käyttö lisäisivät EU:n energiariippumattomuutta. Todellisuudessa monet raaka-aineet tuodaan pääasiassa kolmansista maista (esimerkiksi käytetyn paisto- ja friteerausöljyn tuonti Kiinasta, Yhdistyneestä kuningaskunnasta, Malesiasta ja Indonesiasta).
Euroopan tilintarkastustuomioistuin toteaa, että Euroopan politiikka ei ole onnistunut käynnistämään tuotantoa ja investointeja tällä uudella alalla. Ilmailu voisi olla suuri biopolttoaineiden käyttäjä, josta EU on jo tehnyt päätöksiä. Niissä on asetettu kestäville lentopolttoaineille vaadittu taso vuodelle 2030 2,76 miljoonaksi tonniksi öljyn ekvivalenttia, kun nykyinen potentiaalinen tuotantokapasiteetti on tuskin kymmenesosa tästä määrästä.
Biopolttoaineiden tulevaisuus maantieajossa on myös epäselvä viime vuosina. Suuri panostus siirtymiseen sähkökäyttöisiin autoihin yhdistettynä uusien bensiini- ja dieselautojen myynnin lopettamiseen vuonna 2035 saattaa myös tarkoittaa, että biopolttoaineita ei juuri voida soveltaa laajamittaisesti EU:n tiekuljetuksissa.