Biopolttoaineita pidetään vaihtoehtona fossiilisille polttoaineille, joiden avulla pyritään vähentämään liikenteen ja kuljetussektorin kasvihuonekaasuja. Viimeisen kymmenen vuoden aikana EU on käyttänyt noin 430 miljoonaa euroa biopolttoaineiden edistämiseen. Kuitenkin siirtymä laboratoriotutkimuksesta todelliseen suurteolliseen tuotantoon ei ole käynnistynyt, ja se voi kestää vielä useita vuosia.
Yksi pitkään vallinneista odotuksista oli, että maatalouden ja puutarhanhoidon luonnontuotteet voisivat toimia raaka-aineina uusille, luonnonmukaisille polttoaineille. Toistaiseksi tuotettuja biopolttoaineita käytetään pääasiassa tavallisen bensiinin, dieselin ja lentopetroolin lisäaineina, ja vielä vain erittäin pienissä määrin.
Lisäksi sopivan biomassan saatavuus rajoittaa biopolttoaineiden käyttöä. Euroopan komissio odotti, että biopolttoaineiden edistäminen ja käyttö lisäisivät EU:n energiariippumattomuutta. Todellisuudessa monet raaka-aineet tuodaan pääasiassa kolmansista maista (esimerkiksi käytetyn paisto- ja friteerausöljyn tuonti Kiinasta, Yhdistyneestä kuningaskunnasta, Malesiasta ja Indonesiasta).

