Tärkeimmät saastelähteet ovat maatalouden lannoitteet ja kemikaalit, jotka saastuttavat vettä ravinteilla, kuten typellä ja fosforilla, mikä johtaa rehevöitymiseen. Lisäksi teollisuuden jätevesi edistää jokien, järvien ja rannikkoalueiden kemiallista saastumista.
Myös vesireittien rakenteelliset muutokset, kuten padot ja kanavointi, ovat osaltaan vaikuttaneet ekologiseen heikkenemiseen, käy ilmi Euroopan ympäristöviraston uudesta raportista.
Pintavedet ovat keskeisiä biodiversiteetin ylläpitämiselle, mutta monilla Pohjois-Länsi-Euroopan alueilla (mukaan lukien Belgia, Hollanti ja Saksa) yli 90 % vesistöistä luokitellaan kohtalaisiksi, huonoiksi tai erittäin huonoiksi.
EU:n maaperän pilaantumisesta ja kemikaalien huuhtoutumisen torjunnasta annettavien direktiivien lähestyvä tarkistus on siksi elintärkeä. Tämän puitedirektiivin uudistuksen tavoitteena on paitsi parantaa vesien laatua myös palauttaa ekosysteemien terveys.
Pintavesien uhkaavan saastumisen ohella Euroopan on otettava huomioon myös ilmastonmuutos, joka lisää painetta vesiturvallisuudelle. Nousevat lämpötilat, muuttuvat sadekuvioiden ja kasvillisuuden kuivakaudet lisäävät vesistressiä eri alueilla, erityisesti Etelä-Euroopassa. Joet ja järvet saastuvat siellä nopeammin, mikä heikentää edelleen veden laatua.