Tärkeimmät saastelähteet ovat maatalouden lannoitteet ja kemikaalit, jotka saastuttavat vettä ravinteilla, kuten typellä ja fosforilla, mikä johtaa rehevöitymiseen. Lisäksi teollisuuden jätevesi edistää jokien, järvien ja rannikkoalueiden kemiallista saastumista.
Myös vesireittien rakenteelliset muutokset, kuten padot ja kanavointi, ovat osaltaan vaikuttaneet ekologiseen heikkenemiseen, käy ilmi Euroopan ympäristöviraston uudesta raportista.
Pintavedet ovat keskeisiä biodiversiteetin ylläpitämiselle, mutta monilla Pohjois-Länsi-Euroopan alueilla (mukaan lukien Belgia, Hollanti ja Saksa) yli 90 % vesistöistä luokitellaan kohtalaisiksi, huonoiksi tai erittäin huonoiksi.