Tuomioistuimen mukaan ministeri ei saanut Euroopan lainsäädännön perusteella ottaa taloudellisia näkökohtia huomioon (kuten viljelijät vaativat), vaan pelkästään ekologisia ja luonnontieteellisiä. Tuomioistuin toteaa, että elinympäristöt on jo Natura2000-lainsäädännön käyttöönoton yhteydessä sisällytetty suojeluohjelmaan, mutta niiden luonnollinen tila on saattanut heikentyä viime vuosina.
Tässä tapauksessa valtio voisi joutua EU:n taholta huomautuksen kohteeksi, jos niin kutsuttua heikentämiskieltoa rikottaisiin eikä ministeri tekisi mitään asialle.
Ministerin päätöstä vastaan on nostettu lukuisia valituksia eri tuomioistuimissa ympäri Hollantia. Arnhemissa tuomioistuin käsitteli maaliskuun puolivälissä noin 70 tapausta useissa istunnoissa. Suurin osa valituksista oli maatalousyrittäjiltä, jotka pelkäävät ajantasoituksen vaikutuksia. Myös ympäristöjärjestö Vereniging Leefmilieu jätti kannanoton Natura2000-alueiden suojelun kumoamisen estämiseksi.
Tuomioistuin toteaa tuomiossaan ymmärtävänsä, että (viljelijä)yritykset ovat huolissaan päätöksen vaikutuksista toimintaansa. Monet heistä eivät olleet etukäteen tienneet, että Natura2000-alueiden määritys aiheuttaisi näin laajaa vaikutusta.
Lisäksi viljelijät kokevat tällä hetkellä suurta painetta typen oksidien ongelman vuoksi ja pitävät kohtuuttomana, että etenkin maataloussektori näyttää kärsivän tästä. Kiistanalainen muutospäätös on tästä hyvä esimerkki, koska nyt on käynyt ilmi, että aiemmin määritettyjä Natura2000-alueita voidaan jälkikäteen muuttaa.
Lopullisessa tuomiossa tuomioistuin pitää hallituksen päätöksen voimassa. Tämä johtuu siitä, että ministerin on Euroopan lainsäädännön nojalla varmistettava, että Natura2000-alueiden elinympäristöjen ja lajien suojelu on ajan tasalla. Jos ajankohtaisten ekologisten tietojen perusteella ilmenee, että lajeja tai elinympäristöjä ei ole otettu mukaan, ministerin on korjattava aiempi määritys.
Mitä ministerin olisi pitänyt tehdä aiemmin, on asettaa elinympäristötyyppien kartat nähtäville. Tätä ministeri ei tehnyt. Tämä ei kuitenkaan muuta asioiden lopputulosta, sillä valitusasioissa elinympäristötyyppien kartat olivat kuitenkin saatavilla, jolloin viljelijöillä oli yli vuosi aikaa reagoida niihin. Moni (viljelijä)yrityksistä ei kuitenkaan näin tehnyt.