Suite au vote, une certaine confusion règne quant aux prochaines étapes, car il est très rare que le Parlement européen rejette une proposition dès la première lecture, sans la renvoyer d'abord à la commission concernée (dans ce cas : la commission envi sur l'environnement).
L'option la plus probable est maintenant que le commissaire au Green Deal Maros Sefcovic (successeur de Frans Timmermans) retire la proposition actuelle et présente à court terme un plan largement modifié. Cela est hautement improbable et ne peut en réalité se faire qu'avec l'accord des 27 pays de l'UE ainsi que du Parlement. Mais dans des cas exceptionnels, la Commission peut ou doit assumer sa responsabilité politique, comme c'est également le cas dans le débat sur le glyphosate.
Une deuxième option est que les 27 ministres de l'Agriculture décident en décembre de continuer à travailler sur la proposition critiquée, ce qui permettrait au Conseil des ministres et à la Commission européenne de s'entendre. Dans ce cas, le Parlement européen pourrait (en deuxième lecture) encore adopter un compromis de ce type.
Plus tôt, le commissaire à l'Agriculture Janusz Wojciechowski a déclaré que Bruxelles souhaitait répondre à de nombreuses préoccupations des ministres de l'Agriculture. Cela s’était déjà produit plus tôt cette année avec la loi sur la restauration de la nature. Les défenseurs du Green Deal ont cependant dû faire de larges concessions pour sauver cette mesure.
Compte tenu du conflit politique au Parlement européen, on peut plutôt s'attendre à ce que les ministres de l'Agriculture ne veuillent pas s'y frotter, que le dossier soit reporté à plus tard et ainsi repoussé après les élections de juin prochain.
Cela correspondait aussi au ton des réactions des groupes de centre-droit ; qu'une nouvelle Commission européenne (au plus tôt en 2025 ou 2026) devrait proposer un autre plan pesticides. « C’est maintenant une opportunité de développer un concept sensé en collaboration avec le secteur agricole lors de la prochaine législature », a déclaré Peter Liese, porte-parole de la politique environnementale du PPE/CDA.
La fédération agricole européenne Copa-Cosega s’est également félicitée du rejet de la réduction imposée. L’organisation estime que la proposition de la Commission reposait surtout sur l’idéologie et des principes, plutôt que sur la faisabilité et le soutien des agriculteurs.
La rapporteure autrichienne au Parlement européen, Sarah Wiener (Verts), déçue, a conclu qu’une centaine de députés européens « s’abstenant » n’ont finalement pas voulu offrir une majorité à sa proposition.