Le cœur du règlement proposé par la Commission européenne est la classification des techniques NGT en deux catégories. Les plantes et aliments naturels dont la modification génétique peut également survenir par mutation naturelle ne sont plus considérés comme des aliments génétiquement modifiés. Cependant, toutes les autres plantes NGT doivent toujours être soumises aux règles relatives aux organismes génétiquement modifiés.
Mais la position désormais adoptée par les États membres ne tranche pas encore certains points sensibles, comme l’inclusion d’une « obligation de déclaration » sur les étiquettes lorsque l’aliment est modifié par une technique OGM. Les États membres évitent ce choix en introduisant une possibilité d’option, laissant à chaque pays la décision d’autoriser certaines nouvelles techniques.
Le compromis du Conseil permet aux États membres d’interdire la culture de plantes NGT de la seconde catégorie sur leur territoire. Ils peuvent également prendre des mesures pour empêcher la diffusion de ces plantes, à la fois à l’intérieur de leurs frontières et au-delà. L’Allemagne n’est pas d’accord avec une telle règle d’exception.
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Des critiques à l’encontre de la position prise par la majorité des États membres viennent notamment des eurodéputés verts au Parlement européen. Le député allemand Martin Häusling a qualifié la proposition de « déréglementation radicale » et a critiqué l’absence d’exigences en matière d’étiquetage, de traçabilité et de responsabilité.
Avec ce mandat de négociation des États membres, les trilogues avec le Parlement européen et la Commission européenne peuvent maintenant débuter. Ce n’est qu’une fois un accord trouvé entre les trois institutions que ce règlement pourra être adopté et entrer en vigueur.
Le Parlement européen avait déjà plaidé pour une réglementation plus stricte, notamment en matière d’étiquetage et de droit des brevets. L’agriculture biologique et les systèmes de production sans OGM sont particulièrement menacés. La proposition actuelle de la Commission supprime les règles permettant la coexistence de l’agriculture biologique et conventionnelle avec la manipulation génétique.