Après que la majorité de centre-droit menée par le PPE/CD&V à Strasbourg eut introduit, par des dizaines d'amendements, divers assouplissements dans la proposition, la rapporteuse allemande Sarah Wiener (Verts) a tenté de retirer la proposition réduite pour une « poursuite du traitement » en commission envi-Environnement.
Mais les chrétiens-démocrates, conservateurs, extrême droite ainsi que plusieurs sociaux-démocrates et libéraux ne souhaitaient pas aller jusque-là. Par conséquent, la proposition réduite n'était plus acceptable non plus pour de nombreux eurodéputés de gauche, et elle a été rejetée par 299 voix contre 207, avec un nombre notable d'abstentions : 121 voix.
La ligne de fracture entre la gauche et la droite (lire : favorable au climat versus favorable à l’agriculture) était déjà apparue ces derniers mois lorsque la commission envi-environnement souhaitait encore renforcer la proposition de la Commission, tandis que la commission agri-Agriculture souhaitait un report et des réductions.
Des points de conflit importants incluaient notamment la date d'entrée en vigueur : la Commission européenne et la branche environnementale plaidaient pour une mise en œuvre en 2030, mais de nombreux pays de l’UE et groupes agricoles en souhaitaient un report de cinq ans.
En outre, il était controversé de savoir si chaque pays devait avoir son propre objectif contraignant de réduction, ou s’il n’y aurait qu’une obligation au niveau de l’UE, chaque État membre ayant une « obligation d’effort » pour contribuer. Selon les critiques, cet aspect sapait d’avance l’effet escompté de la nouvelle loi.
Il est incertain comment les pays de l’UE réagiront à ce rejet très inhabituel par le Parlement. Les 27 ministres de l’Agriculture ont inscrit la proposition de la Commission à l’ordre du jour de leur réunion de décembre. Au cours des dix-huit derniers mois, ils n’ont pas voulu la traiter, préférant d’abord faire réaliser des études complémentaires. La plupart des ministres ne souhaitaient pas non plus d’obligations.
En théorie, les ministres de l’Agriculture peuvent encore accepter la proposition, même sous une forme encore plus assouplie, et adopter une position. Le commissaire à l’Agriculture Janusz Wojciechowski a déclaré à plusieurs reprises que la Commission est « prête à faire des concessions », mais la résistance de plusieurs ministres de l’Agriculture et de la Nature est telle qu’ils préfèrent laisser tomber la proposition discrètement, loin des tables de négociation.
(mise à jour : dans une version antérieure, il était indiqué par erreur que les ministres de l’Environnement discuteraient de la proposition)