Les principales sources de pollution sont les engrais et produits chimiques issus de l'agriculture, qui contaminent l’eau avec des nutriments tels que l’azote et le phosphore, provoquant l’eutrophisation. En outre, les eaux usées industrielles contribuent à la pollution chimique des rivières, lacs et eaux côtières.
Des modifications structurelles dans les voies navigables, telles que les barrages et les canalisations, ont également participé au déclin écologique, selon un nouveau rapport de l'Agence européenne pour l'environnement.
Les eaux de surface sont essentielles à la préservation de la biodiversité, mais dans de nombreuses régions d'Europe du Nord-Ouest (dont la Belgique, les Pays-Bas et l'Allemagne), la qualité de plus de 90 % des masses d'eau est qualifiée de moyenne, mauvaise ou très mauvaise.
La révision imminente des directives européennes sur la pollution des sols et sur la gestion du lessivage des substances chimiques est donc cruciale. Cette révision de la directive-cadre doit non seulement améliorer la qualité de l'eau, mais aussi restaurer la santé des écosystèmes.
Outre la pollution menaçante des eaux de surface, l'Europe doit déjà composer avec le changement climatique, qui intensifie la pression sur la sécurité hydrique. La hausse des températures, la modification des précipitations et les périodes de sécheresse végétale entraînent une augmentation du stress hydrique dans plusieurs régions, en particulier dans le sud de l’Europe. Les cours d’eau et lacs y sont plus rapidement pollués, ce qui détériore encore davantage la qualité de l’eau.