Les principales sources de pollution sont les engrais et produits chimiques issus de l'agriculture, qui contaminent l’eau avec des nutriments tels que l’azote et le phosphore, provoquant l’eutrophisation. En outre, les eaux usées industrielles contribuent à la pollution chimique des rivières, lacs et eaux côtières.
Des modifications structurelles dans les voies navigables, telles que les barrages et les canalisations, ont également participé au déclin écologique, selon un nouveau rapport de l'Agence européenne pour l'environnement.
Les eaux de surface sont essentielles à la préservation de la biodiversité, mais dans de nombreuses régions d'Europe du Nord-Ouest (dont la Belgique, les Pays-Bas et l'Allemagne), la qualité de plus de 90 % des masses d'eau est qualifiée de moyenne, mauvaise ou très mauvaise.

