Selon le tribunal, la ministre ne pouvait pas, sur la base de la législation européenne, prendre en compte des considérations économiques (comme les agriculteurs l’avaient exigé), mais uniquement des critères écologiques et naturels. Le tribunal estime que les habitats ont été intégrés dès la mise en œuvre de la législation Natura2000, mais que leur état naturel a pu se dégrader ces dernières années.
Dans ce cas, l’État pourrait même être mise en défaut par l’UE en cas de violation de ce qu’on appelle l’interdiction de dégradation, si la ministre ne prenait aucune mesure.
Contre la décision de la ministre, de nombreux recours ont été introduits dans tout le pays auprès de plusieurs tribunaux. Le tribunal d’Arnhem a traité, vers la mi-mars, environ 70 affaires lors de plusieurs audiences. La plupart des recours ont été déposés par des exploitations agricoles craignant les conséquences de cette actualisation. L’Association Leefmilieu a également pris position afin d’empêcher que la protection des zones Natura 2000 ne soit réduite.
Le tribunal indique dans son jugement comprendre que les exploitations (agricoles) s’inquiètent de l’impact de cette décision sur leurs activités. Nombre d’entre elles affirment ne pas avoir réalisé à l’avance que la désignation des zones Natura 2000 aurait un tel effet.
De plus, les exploitations agricoles subissent actuellement une pression énorme liée au problème de l’azote et jugent déraisonnable que le secteur agricole soit principalement pénalisé. La décision contestée en est un bon exemple, car il apparaît désormais que les zones Natura 2000 désignées antérieurement peuvent être modifiées ultérieurement.
Dans son jugement final, le tribunal maintient la décision gouvernementale. Cela s’explique par le fait que la ministre est tenue par le droit européen de garantir que (la protection des) habitats et espèces dans les zones Natura 2000 soit correcte. Si les données écologiques actuelles montrent que des espèces ou habitats n’ont pas été inclus, la ministre est obligée de corriger cette désignation préalable.
Ce que la ministre aurait dû faire auparavant, c’est mettre les cartes des types d’habitats à disposition pour consultation. Elle ne l’a pas fait. Cependant, cela ne change pas l’issue des affaires, car les cartes des types d’habitats ont été rendues accessibles lors des recours, permettant ainsi aux agriculteurs d’y répondre pendant plus d’un an. Beaucoup d’exploitations (agricoles) ne l’ont pas fait.