Is iad na príomhfhoinsí truaillithe ná leasacháin agus ceimiceáin ón ngnó talmhaíochta, a dhoirteann isteach san uisce le cothaithigh cosúil le nítrigin agus fosfar, rud a chuireann le héutrófú. Ina theannta sin, cuireann uisce dramhaíola tionsclaíoch leis an truailliú ceimiceach i n-aibhneacha, inuisceacha agus uiscí cósta.
Tugann athruithe struchtúrtha freisin ar na bealaí uisce, cosúil le dálaí agus struchtúir chun an uisce a threorú, le linn laghdaithe na héiceachórais, mar a léirítear i dtuairisc nua ó Ghníomhaireacht Comhshaoil an AE.
Tugtar tábhacht mhór don uisce dromchlaigh maidir le caomhnú bitheachais, ach i go leor réigiún i dTuaisceart Thiar na hEorpa (lena n-áirítear an Bheilg, an Ísiltír agus an Ghearmáin), cuirtear go bhfuil cáilíocht breis is 90% de na hairíonna uisce i meánmhaitheas, bocht nó an-bocht.
Mar sin, tá an tuairisciú atá ar bun don athbhreithniú ar threoirlínte an AE maidir le truailliú ithreach agus bainistíocht sceite ceimiceán thar a bheith tábhachtach. Ní hamháin gur cheart don athbhreithniú ar an treoirlínte bhunúsach seo cáilíocht an uisce a fheabhsú, ach freisin sláinte na n-éiceachóras a athshlánú.
Seachas an baol truaillithe ar uiscí dromchlaigh, caithfidh an Eoraip a bheith réidh freisin le haghaidh athrú aeráide, rud a chuireann brú breise ar shlánacht an uisce. Cuireann ardú teochtaí, athruithe i bpatróin báistí agus tréimhsí triomach plandaí le strus uisce a mhéadú i réigiúin éagsúla, go háirithe i ndeisceart na hEorpa. Éiríonn na hairíonna uisce cosúil le habhainn agus lochanna níos truaillithe níos tapúla ansin, rud a chuireann leis an mhífheidhmíocht i gcáilíocht an uisce.