जैव ईंधन को जीवाश्म ईंधन के विकल्प के रूप में माना जाता है, ताकि परिवहन और यातायात क्षेत्र के ग्रीनहाउस गैस उत्सर्जन को कम किया जा सके। पिछले दस वर्षों में EU ने जैव ईंधनों को बढ़ावा देने के लिए लगभग 430 मिलियन यूरो का अनुदान दिया है। लेकिन प्रयोगशाला अनुसंधान से बड़े पैमाने पर उत्पादन की ओर संक्रमण अभी तक नहीं हो पाया है और इसमें कई साल लग सकते हैं।
एक समय लंबे समय तक यह उम्मीद थी कि कृषि और बागवानी से प्राप्त प्राकृतिक उत्पाद नए और पर्यावरण के अनुकूल ईंधन के कच्चे माल हो सकते हैं। फिलहाल, उत्पादित जैव ईंधन का उपयोग मुख्य रूप से सामान्य पेट्रोल, डीजल और केरोसिन में मिलावट के रूप में होता है, और वह भी बहुत ही सीमित मात्र में।
इसके अतिरिक्त, उपयुक्त बायोमास की उपलब्धता जैव ईंधन के उपयोग को सीमित करती है। यूरोपीय आयोग ने उम्मीद की थी कि जैव ईंधन को बढ़ावा देने और उनके उपयोग से EU की ऊर्जा स्वतंत्रता में सुधार होगा। लेकिन वास्तविकता में अधिकांश कच्चे माल तीसरे देशों से आयात किए जाते हैं (जैसे चीन, यूनाइटेड किंगडम, मलेशिया और इंडोनेशिया से उपयोग किया हुआ खाना पकाने और तलने वाला तेल)।
यूरोपीय लेखा न्यायालय ने निष्कर्ष निकाला है कि यूरोपीय नीति इस नए क्षेत्र में उत्पादन और निवेश को बढ़ावा देने में असफल रही है। उदाहरण के तौर पर, विमानन क्षेत्र जैव ईंधन का एक बड़ा उपभोक्ता बन सकता है, जिसके लिए EU ने पहले ही निर्णय ले लिए हैं। इसमें 2030 तक स्थायी विमान ईंधन के लिए आवश्यक स्तर 2.76 मिलियन टन तेल-समतुल्य निर्धारित किया गया है जबकि वर्तमान संभावित उत्पादन क्षमता उस मात्रा का लगभग एक दसवां भी नहीं है।
सड़क यातायात में जैव ईंधनों का भविष्य भी पिछले कुछ वर्षों में अस्पष्ट हो गया है। बिजली से चलने वाली गाड़ियों की ओर बड़े पैमाने पर संक्रमण के साथ-साथ 2035 में नई पेट्रोल और डीजल गाड़ियों के उत्पादन को बंद करना भी यह संकेत देता है कि EU के सड़क यातायात में जैव ईंधनों का व्यापक उपयोग शायद संभव नहीं होगा।