जैव ईंधन को जीवाश्म ईंधन के विकल्प के रूप में माना जाता है, ताकि परिवहन और यातायात क्षेत्र के ग्रीनहाउस गैस उत्सर्जन को कम किया जा सके। पिछले दस वर्षों में EU ने जैव ईंधनों को बढ़ावा देने के लिए लगभग 430 मिलियन यूरो का अनुदान दिया है। लेकिन प्रयोगशाला अनुसंधान से बड़े पैमाने पर उत्पादन की ओर संक्रमण अभी तक नहीं हो पाया है और इसमें कई साल लग सकते हैं।
एक समय लंबे समय तक यह उम्मीद थी कि कृषि और बागवानी से प्राप्त प्राकृतिक उत्पाद नए और पर्यावरण के अनुकूल ईंधन के कच्चे माल हो सकते हैं। फिलहाल, उत्पादित जैव ईंधन का उपयोग मुख्य रूप से सामान्य पेट्रोल, डीजल और केरोसिन में मिलावट के रूप में होता है, और वह भी बहुत ही सीमित मात्र में।
इसके अतिरिक्त, उपयुक्त बायोमास की उपलब्धता जैव ईंधन के उपयोग को सीमित करती है। यूरोपीय आयोग ने उम्मीद की थी कि जैव ईंधन को बढ़ावा देने और उनके उपयोग से EU की ऊर्जा स्वतंत्रता में सुधार होगा। लेकिन वास्तविकता में अधिकांश कच्चे माल तीसरे देशों से आयात किए जाते हैं (जैसे चीन, यूनाइटेड किंगडम, मलेशिया और इंडोनेशिया से उपयोग किया हुआ खाना पकाने और तलने वाला तेल)।