मुख्य प्रदूषण स्रोत कृषि से आने वाले उर्वरक और रासायनिक पदार्थ हैं, जो जल को азот और फॉस्फोरस जैसे पोषक तत्वों से प्रदूषित करते हैं, जिससे यूत्रोफिकेशन होता है। इसके अतिरिक्त, औद्योगिक अपशिष्ट जल नदियों, झीलों और तटीय जलों की रासायनिक दूषण में योगदान देता है।
जल मार्गों में संरचनात्मक बदलाव जैसे बाँध और नहर निर्माण ने भी पारिस्थितिक पतन में योगदान दिया है, यह एक नए ईयू-पर्यावरण एजेंसी के रिपोर्ट से पता चलता है।
सतही जल को जैव विविधता के संरक्षण के लिए आवश्यक माना जाता है, लेकिन उत्तर-पश्चिम यूरोप के कई क्षेत्रों (जिनमें बेल्जियम, नीदरलैंड और जर्मनी शामिल हैं) में 90% से अधिक जल निकायों की गुणवत्ता को मध्यम, कमजोर या बहुत खराब माना जाता है।

