अदालत के अनुसार, मंत्री को यूरोपीय कानून के तहत आर्थिक विचारों को शामिल करने की अनुमति नहीं थी (जैसा कि किसानों ने मांग किया था), बल्कि केवल पारिस्थितिक और प्राकृतिक कारकों को ध्यान में रखना था। अदालत का मानना है कि हैबिटैट्स पहले से Natura2000 कानून के लागू होते ही सूचीबद्ध थे, लेकिन उनकी प्राकृतिक स्थिति पिछले वर्षों में बिगड़ी हो सकती है।
ऐसे मामले में यदि तथाकथित बिगाड़ने के प्रतिबंध का उल्लंघन होता है और मंत्री इसके खिलाफ कोई कार्रवाई नहीं करता, तो यूरोपीय संघ सरकार को दोषी ठहरा सकता है।
मंत्री के फैसले के खिलाफ पूरे नीदरलैंड में कई अदालतों में कई अपीलें दायर की गई थीं। आर्नहेम की अदालत ने मार्च में लगभग 70 मामलों को कई बैठकों में सुना। अधिकांश अपीलें उन किसान समुदायों द्वारा दायर की गईं जो इस अद्यतन के प्रभावों को लेकर चिंतित थे। साथ ही, लीफमिलीयू संघ ने Natura 2000 क्षेत्रों की सुरक्षा को कमजोर होने से रोकने के लिए प्रतिक्रिया दी थी।
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अदालत ने अपने फैसले में यह स्वीकार किया कि (किसान) व्यवसाय इस फैसले के अपने व्यापारों पर प्रभाव को लेकर चिंतित हैं। इनमें से कई ने पहले यह नहीं समझा था कि Natura 2000 क्षेत्रों की नियुक्ति का इतना बड़ा प्रभाव होगा।
इसके अलावा, किसान व्यवसाय वर्तमान में नाइट्रोजन समस्या से अत्यधिक दबाव महसूस कर रहे हैं और वे इसे अनुचित मानते हैं कि मुख्य रूप से कृषि क्षेत्र इसके लिए जिम्मेदार माना जा रहा है। विवादित संशोधन निर्णय इसका स्पष्ट उदाहरण है क्योंकि इससे यह पता चलता है कि पहले घोषित Natura 2000 क्षेत्रों को बाद में संशोधित किया जा सकता है।
आखिरी फैसले में अदालत ने सरकार के फैसले को बरकरार रखा। इसका कारण यह है कि यूरोपीय कानून के तहत मंत्री Natura 2000 क्षेत्रों में निवास स्थान और प्रजातियों की सुरक्षा सुनिश्चित करने के लिए बाध्य हैं। यदि वर्तमान पारिस्थितिक डेटा के आधार पर पता चलता है कि कुछ प्रजातियाँ या निवास स्थान सूचीबद्ध नहीं हैं, तो मंत्री को उस प्रारंभिक नियुक्ति में सुधार करना आवश्यक होता है।
हालांकि, मंत्री को पहले हैबिटैट टाइप मैप जनता के लिए उपलब्ध कराना चाहिए था, जो उन्होंने नहीं किया। इसके बावजूद, यह मामलों के परिणाम को प्रभावित नहीं करता क्योंकि उन मैपों को अपील मामलों में उपलब्ध कराया गया, जिससे किसानों को लगभग एक वर्ष तक प्रतिक्रिया देने का मौका मिला। अधिकांश (किसान) व्यवसायों ने इस अवसर का उपयोग नहीं किया।