खासकर कृषि में रासायनिक पदार्थों के उपयोग को निशाना बनाया गया है।
यूरोपीय आयोग का कहना है कि वर्तमान जल प्रदूषण के खिलाफ लिए गए कदम पर्याप्त नहीं हैं। कई अध्ययनों के अनुसार, नाइट्रेट और अन्य कृषि रसायन जल गुणवत्ता खराब होने के मुख्य कारण हैं। खासतौर पर तीव्र कृषि वाले क्षेत्रों में नदियाँ, झीलें और भूमिगत जल गंभीर रूप से प्रदूषित हैं।
इसी कारण आयोग मौजूदा नाइट्रेट निर्देश को कड़ा करना चाहता है। प्रस्ताव में 2030 तक जल उपयोग को दस प्रतिशत तक घटाने की अपील की गई है। आयोग यूरोप में बढ़ती सूखे की समस्या की ओर संकेत करता है और खाद्य सुरक्षा तथा जीवविविधता पर संभावित प्रभावों के लिए चेतावनी देता है।
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कई स्रोतों के अनुसार यह प्रस्ताव यूरोपीय संसद में विवादास्पद माना जा रहा है। खासतौर पर कृषि समिति और कृषि हित संगठनों की ओर से इसका सख्त विरोध अपेक्षित है। वे चिंतित हैं कि कड़े पर्यावरणीय नियम किसानों को नुकसान पहुंचाएंगे और खाद्य उत्पादन पर दबाव बनाएंगे।
एक अन्य विवादास्पद मुद्दा ग्रीन डील के पर्यावरण और जलवायु कानूनों के राजनीतिक स्पर्शकता से जुड़ा है। पॉलिटिको के अनुसार, यूरोपीय संसद के सबसे बड़े दल ईवीपी के सदस्यों ने जल प्रबंधन पर मसौदा रिपोर्ट में ग्रीन डील का हर उल्लेख हटाने की मांग की है – यहाँ तक कि 'ग्रीन डील' शब्द का भी उल्लेख नहीं होना चाहिए।
संसद की आलोचना केवल विषय वस्तु तक सीमित नहीं है। रिपोर्टों के अनुसार, यूरोपीय आयोग की संचारनीति पर भी आपत्तियाँ हैं: आयोग प्रस्तावों को तकनीकी और आवश्यक के रूप में प्रस्तुत कर रहा है, जबकि कृषि और अर्थव्यवस्था पर इसके प्रभाव राजनीतिक रूप से विवादास्पद हैं।
कई स्रोत यह संकेत देते हैं कि अल्पकालीन हित जैसे आर्थिक विकास और खाद्य आपूर्ति, दीर्घकालीन टिकाऊ उपायों के मुकाबले अधिक महत्व पा रहे हैं। हालांकि आयोग जोर देता है कि इन प्रयासों में विफलता से संरचनात्मक सूखे और पर्यावरणीय क्षति का खतरा बढ़ जाएगा।
फिर भी यूरोपीय आयोग प्रस्ताव को आगे बढ़ाने के लिए ठाना हुआ लगता है। उन्होंने पहले से किए गए पर्यावरण संरक्षण के लिए EU देशों के वादों की ओर इशारा किया है, जो अब तक पूरी तरह पूरे नहीं हुए हैं। यह अभी स्पष्ट नहीं है कि प्रस्ताव किस रूप में अंततः मंजूर होगा। हालांकि यह स्पष्ट है कि जल प्रबंधन ब्रुसेल्स के एजेंडे पर लगातार उच्च स्थान प्राप्त कर रहा है।