यूरोपीय आयोग द्वारा प्रस्तावित व्यवस्था का मुख्य बिंदु है एनजीटी तकनीकों को दो श्रेणियों में वर्गीकृत करना। प्राकृतिक उत्परिवर्तन द्वारा भी उत्पन्न हो सकने वाले पौधे और प्राकृतिक खाद्य पदार्थ अब जीन संशोधित खाद्य पदार्थ के रूप में वर्गीकृत नहीं किए जाएंगे। हालांकि, अन्य सभी एनजीटी पौधों को अभी भी जीन संशोधित जीवों के नियमों के तहत रखा जाएगा।
लेकिन अब तक ईयू देशों द्वारा जो रुख बनाया गया है, वह कुछ संवेदनशील मुद्दों जैसे कि जीनोम-संशोधित तकनीक से उत्पादित खाद्य पदार्थों पर लेबलिंग की 'सूचना देने की बाध्यता' को शामिल करने का कोई निर्णय नहीं लेता। ईयू देश इस निर्णय से बचने के लिए एक विकल्प छोड़ रहे हैं, जिसमें कुछ नई तकनीकों को अपनाने की अनुमति देशों के अपने विवेक पर छोड़ी जाती है।
यूरोपीय परिषद का यह समझौता ईयू देशों को दूसरी श्रेणी के एनजीटी पौधों की कृषि को अपने क्षेत्र में प्रतिबंधित करने की अनुमति देता है। वे अपने भीतर और सीमा पार इन पौधों के प्रसार को रोकने के लिए भी कदम उठा सकते हैं। जर्मनी इस तरह के अपवाद नियम से असहमत है।
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ईयू देशों के बहुमत द्वारा लिए गए इस रुख की आलोचना यूरोपीय संसद के कई हरित सदस्यों सहित होती है। जर्मन सांसद मार्टिन हेउस्लिंग ने इस प्रस्ताव को 'कट्टरपंथी नियमों में और ढील' करार दिया और लेबलिंग, ट्रैसेबिलिटी और जिम्मेदारी के क्षेत्र में आवश्यकताओं के अभाव की आलोचना की।
ईयू देशों के वार्ता अधिकार के साथ अब त्रिपक्षीय वार्ता यूरोपीय संसद और यूरोपीय आयोग के साथ शुरू की जा सकती है। जब तीनों संस्थानों के बीच सहमति बन जाएगी, तभी यह विनियम स्वीकृत होकर प्रभाव में आएगा।
यूरोपीय संसद पहले ही कड़े नियमों की वकालत कर चुका है, खासकर लेबलिंग और पेटेंट अधिकार के क्षेत्र में। विशेष रूप से जैविक खेती और जीएमओ-मुक्त उत्पादन प्रणालियाँ जोखिम में हैं। वर्तमान आयोग प्रस्ताव जैविक और सामान्य खेती के साथ-साथ आनुवंशिक संशोधन के सह-अस्तित्व के नियमों को समाप्त करता है।