Glavni izvori zagađenja su gnojiva i kemikalije iz poljoprivrede, koje onečišćuju vodu nutrijentima kao što su dušik i fosfor, što dovodi do eutrofikacije. Osim toga, industrijske otpadne vode doprinose kemijskom zagađenju rijeka, jezera i priobalnih voda.
Strukturne promjene u vodenim tokovima, poput brana i kanalisanja, također su pridonijele ekološkom propadanju, navodi se u novom izvješću Agencije EU za okoliš.
Površinske vode smatraju se ključnima za održavanje biološke raznolikosti, no u mnogim područjima sjeverozapadne Europe (uključujući Belgiju, Nizozemsku i Njemačku), kvaliteta više od 90% vodenih tijela opisuje se kao umjerena, loša ili vrlo loša.
Nadolazeća revizija EU direktiva o onečišćenju tla i upravljanju ispravljanjem kemijskih tvari stoga je od ključne važnosti. Ova revizija okvira mora ne samo poboljšati kvalitetu vode, već i obnoviti zdravlje ekosustava.
Osim prijetećeg onečišćenja površinskih voda, Europa se mora već sada nositi s klimatskim promjenama koje dodatno pritiskaju sigurnost opskrbe vodom. Povećane temperature, promjenjivi obrasci padalina i sušni periodi dovode do povećanja stresa zbog vode u raznim regijama, osobito u južnoj Europi. Tamo rijeke i jezera brže postaju zagađeni, što dodatno narušava kvalitetu vode.