Posebno je korištenje kemikalija u poljoprivredi predmet kritika.
Europska komisija navodi da postojeće mjere protiv onečišćenja vode nisu dovoljne. Prema nekoliko istraživanja, nitrate i druge poljoprivredne kemikalije važan su uzrok loše kvalitete vode. Posebno u područjima s intenzivnom poljoprivredom rijeke, jezera i podzemne vode ozbiljno su zagađeni.
Zbog toga Komisija želi pooštriti postojeću Nitratsku direktivu. U prijedlogu se među ostalim poziva na smanjenje potrošnje vode za deset posto do 2030. godine. Komisija ističe rastuće probleme s sušama u Europi i upozorava na moguće posljedice za sigurnost hrane i biološku raznolikost.
Prema nekoliko izvora, prijedlog je kontroverzan u Europskom parlamentu. Posebno se očekuje žestok otpor u poljoprivrednom odboru i među organizacijama za poljoprivredne interese. Oni strahuju da stroža pravila o zaštiti okoliša idu na štetu poljoprivrednika i vrše pritisak na proizvodnju hrane.
Još jedna sporna točka je politička osjetljivost oko zakona o okolišu i klimatskim promjenama u okviru Zelene agende. Prema Politico, članovi EPP-a, najveće skupine u Europskom parlamentu, zahtijevali su da se u nacrtu izvješća o upravljanju vodama izbriše svaki spomen Zelene agende – čak se ne smije spominjati niti naziv „Zelena agenda“.
Kritike iz parlamenta nisu ograničene samo na sadržaj. Prema izvještajima, postoje i pritužbe na način na koji Europska komisija komunicira: prijedloge predstavljaju kao tehničke i nužne, dok su implikacije za poljoprivredu i gospodarstvo politički osjetljive.
Više izvora ukazuje na rastući trend gdje kratkoročni interesi, poput gospodarskog rasta i opskrbe hranom, izgledaju važniji od dugoročnih mjera za održivost. Komisija, međutim, naglašava da nečinjenje povećava rizik od strukturnih suša i šteta za okoliš.
Ipak, Europska komisija čini se odlučnom nastaviti s prijedlogom. Ističe se na ranije obveze zemalja EU za bolju zaštitu okoliša koje do sada nisu u potpunosti ispunjene. Još nije jasno u kojem će obliku prijedlog na kraju biti usvojen. Jasno je samo da upravljanje vodama zauzima sve važnije mjesto na briselskoj agendi.