Srž prijedloga Europske komisije je podjela NGT-tehnika u dvije kategorije. Biljke i prirodna hrana čija genetska promjena može nastati prirodnom mutacijom više se ne smatraju genetski modificiranom hranom. Međutim, sve ostale NGT biljke i dalje moraju podlijegati pravilima o genetski modificiranim organizmima.
Trenutno postignuti stav zemalja EU još ne donosi odluku o rješavanju nekih ključnih pitanja, poput uvođenja obveze prijave na etiketama ako je hrana obrađena GMO tehnikom. Zemlje EU izbjegavaju tu odluku omogućavajući mogućnost izuzeća (opt-out), čime dopuštaju da pojedinačne zemlje same odlučuju o dopuštanju nekih novih tehnika.
Komprimis Vijeća dopušta državama članicama EU da zabrane uzgoj NGT biljaka druge kategorije na svojem teritoriju. One također mogu poduzimati mjere za sprječavanje širenja tih biljaka, kako unutar svojih granica tako i preko njih. Njemačka se ne slaže s takvim izuzetnim pravilom.
Kritike na račun sadašnjeg stava većine zemalja EU stižu među ostalim od zelenih zastupnika u Europskom parlamentu. Nijemac Martin Häusling opisao je prijedlog kao 'radikalnu deregulaciju' te kritizirao odsutnost zahtjeva na području označavanja, praćenja i odgovornosti.
Sada, s mandatima za pregovore zemalja EU, mogu započeti trilog pregovori s Europskim parlamentom i Europskom komisijom. Tek kad tri institucije postignu suglasnost, uredba može biti usvojena i stupiti na snagu.
Europski parlament je ranije zauzeo stav za strožu regulaciju, osobito u području označavanja i prava patenata. Posebno su izloženi riziku ekološka poljoprivreda i sustavi proizvodnje bez GM-a. Trenutni prijedlog Komisije ukida pravila za suživot organske i konvencionalne poljoprivrede s genetskom manipulacijom.