Az Európai Bizottság által javasolt szabályozás lényege az NGT-technológiák két kategóriába sorolása. Olyan növények és természetes élelmiszerek, amelyeknél a genetikai változás természetes mutáció révén is előfordulhat, többé nem tartoznak a genetikailag módosított élelmiszerek közé. Minden egyéb NGT-növényt azonban továbbra is a genetikailag módosított szervezetekre vonatkozó szabályok alá kell rendelni.
Az EU-tagállamok jelenleg kialakított álláspontja azonban még nem hoz döntést néhány kényes kérdésről, például arról, hogy kötelező legyen-e „bejelentési kötelezettség” a címkéken, ha az élelmiszer GMO-technológiával került előállításra. Ezt a választ az uniós országok úgy kerülék el, hogy lehetőséget biztosítanak egy opt-out mechanizmusra, amely lehetővé teszi, hogy egyes új technológiák engedélyezése az adott országokra legyen bízva.
A Tanács kompromisszuma lehetővé teszi az EU-tagállamok számára, hogy megtiltsák a második kategóriába tartozó NGT-növények termesztését saját területükön. Intézkedéseket is hozhatnak ezeknek a növényeknek a terjedése ellen, akár országhatáron belül, akár azon túl. Németország nem ért egyet ilyen kivételes szabályozással.

