Az Európai Bizottság által javasolt szabályozás lényege az NGT-technológiák két kategóriába sorolása. Olyan növények és természetes élelmiszerek, amelyeknél a genetikai változás természetes mutáció révén is előfordulhat, többé nem tartoznak a genetikailag módosított élelmiszerek közé. Minden egyéb NGT-növényt azonban továbbra is a genetikailag módosított szervezetekre vonatkozó szabályok alá kell rendelni.
Az EU-tagállamok jelenleg kialakított álláspontja azonban még nem hoz döntést néhány kényes kérdésről, például arról, hogy kötelező legyen-e „bejelentési kötelezettség” a címkéken, ha az élelmiszer GMO-technológiával került előállításra. Ezt a választ az uniós országok úgy kerülék el, hogy lehetőséget biztosítanak egy opt-out mechanizmusra, amely lehetővé teszi, hogy egyes új technológiák engedélyezése az adott országokra legyen bízva.
A Tanács kompromisszuma lehetővé teszi az EU-tagállamok számára, hogy megtiltsák a második kategóriába tartozó NGT-növények termesztését saját területükön. Intézkedéseket is hozhatnak ezeknek a növényeknek a terjedése ellen, akár országhatáron belül, akár azon túl. Németország nem ért egyet ilyen kivételes szabályozással.
Az Európai Parlament zöldpárti képviselői közül többen is bírálják az EU-tagállamok többségének jelenlegi álláspontját. A német Martin Häusling az indítványt „radikális deregulációnak” nevezte, és kritikával illette, hogy hiányoznak a címkézésre, nyomon követhetőségre és felelősségre vonatkozó követelmények.
Az EU-tagállamok tárgyalási mandátumával most megkezdődhetnek a trilógus tárgyalások az Európai Parlamenttel és az Európai Bizottsággal. Csak akkor fogadható el és léphet hatályba a rendelet, ha a három intézmény megállapodásra jut.
Az Európai Parlament korábban már a szigorúbb szabályozás mellett foglalt állást, különösen a címkézés és a szabadalmi jogok területén. Különösen a biogazdálkodás és a GMO-mentes termelési rendszerek kerülnek veszélybe. A jelenlegi Bizottsági javaslat megszünteti a genetikai manipuláció mellett a biológiai és a hagyományos mezőgazdaság párhuzamos létezésének szabályait.