Különösen a mezőgazdaságban használt vegyszerek használata áll a középpontban.
Az Európai Bizottság szerint a jelenlegi intézkedések a vízszennyezés ellen nem eléggé hatékonyak. Több kutatás is rámutat arra, hogy a nitrát és egyéb mezőgazdasági vegyszerek jelentős oka a rossz vízminőségnek. Különösen az intenzív mezőgazdasággal rendelkező régiókban súlyosan szennyezettek a folyók, tavak és a talajvíz.
Ezért a Bizottság szeretné szigorítani a meglévő Nitrát irányelvet. A javaslat többek között tíz százalékos vízfogyasztás-csökkentést ír elő 2030-ig. A Bizottság rámutat Európa növekvő aszály-problémáira és figyelmeztet a lehetséges következményekre az élelmiszerbiztonságra és a biodiverzitásra nézve.
A javaslat több forrás szerint vitatott az Európai Parlamenten belül. Különösen a mezőgazdasági bizottságban és az agrárérdekképviseleti szervezeteknél várható heves ellenállás. Attól tartanak, hogy a szigorúbb környezetvédelmi szabályok a gazdák rovására mennek és nyomást gyakorolnak az élelmiszertermelésre.
Egy másik vitapont a Zöld Megállapodáshoz kapcsolódó környezetvédelmi és klímatörvények politikai kényessége. A Politico szerint a legnagyobb frakció, az EPP tagjai azt követelték, hogy a vízgazdálkodási tervezetről szóló jelentésből minden hivatkozás a Zöld Megállapodásra törlésre kerüljön – még magát a „Zöld Megállapodás” kifejezést sem szabad említeni.
A parlamenti kritika nemcsak a tartalomra korlátozódik. Jelentések szerint kifogásolják az Európai Bizottság kommunikációját is: az állítólag technikai és szükséges javaslatok bemutatása közben nem veszik figyelembe, hogy azok milyen politikailag érzékeny hatásokkal járnak a mezőgazdaságra és a gazdaságra.
Több forrás szerint erősödik az a tendencia, hogy a rövid távú érdekek – mint a gazdasági növekedés és az élelmiszerellátás – nagyobb súllyal esnek latba, mint a hosszú távú fenntarthatósági intézkedések. A Bizottság azonban hangsúlyozza, hogy a tétlenség növeli a szerkezeti aszály és környezeti károk kockázatát.
Mindazonáltal úgy tűnik, hogy az Európai Bizottság eltökélt szándéka a javaslat végigvitele. Hangsúlyozzák az uniós országok korábbi, jobb környezetvédelemre tett ígéreteit, amelyeket eddig nem teljesítettek eléggé. Még nem világos, milyen formában fogadják el a javaslatot. Az azonban egyértelmű, hogy a vízgazdálkodás egyre fontosabb helyet foglal el a brüsszeli napirenden.