A biológiai üzemanyagokat a fosszilis üzemanyagok alternatívájaként tartják számon, hogy csökkentsék az üvegházhatású gázokat a közlekedési szektorban. Az elmúlt tíz évben az EU mintegy 430 millió eurót költött támogatásként a biológiai üzemanyagok ösztönzésére. Ám a laboratóriumi kutatásokból a tényleges nagyszabású termelésre való áttérés nem indult be, és akár még évekig is eltarthat.
Egy időben az volt az elvárás, hogy a mezőgazdasági és kertészeti termékekből származó alapanyagok új, környezetbarát üzemanyagok forrásai lehetnek. Jelenleg a termelt biológiai üzemanyagokat leginkább hagyományos benzinhez, dízelhez és kerozinhoz keverik, méghozzá csak nagyon korlátozott mértékben.
Ezenfelül a megfelelő biomassza rendelkezésre állása is korlátozza a biológiai üzemanyagok alkalmazását. Az Európai Bizottság úgy vélte, hogy a biológiai üzemanyagok ösztönzése és használata növelni fogja az EU energiafüggetlenségét. A valóságban azonban sok alapanyagot harmadik országból importálnak (például használt sütő- és sütőolaj importját Kínából, az Egyesült Királyságból, Malajziából és Indonéziából).
Az Európai Számvevőszék arra a következtetésre jutott, hogy az európai politika nem képes beindítani az e szektorban a termelést és beruházásokat. Például a légi közlekedés nagy fogyasztója lehetne a biológiai üzemanyagoknak, amire az EU már döntéseket hozott. Ebben 2030-ra a fenntartható repülőgép-üzemanyag szükséges szintjét 2,76 millió tonna kőolaj-egyenértékben határozták meg, miközben a jelenlegi potenciális termelési kapacitás alig tesz ki egytizedét ennek.
A biológiai üzemanyagok jövője a közúti közlekedésben az elmúlt években szintén bizonytalanná vált. Az elektromos autókra való nagyarányú átállás, valamint az új benzin- és dízelautók 2035-ös betiltása azt is jelentheti, hogy a biológiai üzemanyagokat alig lehet majd nagymértékben alkalmazni az EU közúti közlekedésében.