A legfőbb szennyezőforrások a mezőgazdaságból származó műtrágyák és vegyszerek, amelyek olyan táplálékanyagokkal, mint a nitrát és a foszfor szennyezik a vizet, ami eutrofizációhoz vezet. Ezen felül az ipari szennyvizek is hozzájárulnak a folyók, tavak és part menti vizek kémiai szennyezéséhez.
A vízi utak szerkezeti változásai, például gátak és csatornázás, szintén hozzájárultak az ökológiai romláshoz, derül ki az EU Környezetvédelmi Ügynöksége új jelentéséből.
A felszíni vizeket létfontosságúnak nevezik a biológiai sokféleség fenntartásában, ám Északnyugat-Európa sok régiójában (beleértve Belgiumot, Hollandiát és Németországot) a víztestek több mint 90%-ának minőségét közepesnek, rossznak vagy nagyon rossznak minősítik.
Ezért létfontosságú az EU talajszennyezési irányelveinek és a kémiai anyagok kioldódásának kezelését célzó közelgő felülvizsgálata. Ez a keretirányelv-felülvizsgálat nemcsak a vízminőség javítására irányul, hanem az ökoszisztémák egészségének helyreállítására is.
A felszíni vizek fenyegető szennyezése mellett Európának már a klímaváltozással is számolnia kell, amely tovább fokozza a vízbiztonságra nehezedő nyomást. Az emelkedő hőmérséklet, a változó csapadékminták és növekvő aszályos időszakok vízstresszt okoznak számos régióban, főként Dél-Európában. Ilyen térségekben a folyók és tavak gyorsabban szennyeződnek, ami tovább rontja a víz minőségét.