A bíróság szerint a miniszter az európai jogszabályok alapján nem mérlegelhet gazdasági szempontokat (ahogyan azt a gazdák kérték), csak ökológiai és természettudományosakat. A bíróság megállapította, hogy a Natura2000 jogszabály bevezetésekor a természetes élőhelyek már szerepeltek, de azok természetes állapota az elmúlt években romolhatott.
Ebben az esetben az államot az EU akár el is marasztalhatja, ha az úgynevezett romlás tilalmát megsértik, és a miniszter nem lép ellene.
A miniszteri döntés ellen Hollandiában országszerte több bírósághoz nyújtottak be kereseteket. Az arnhemi bíróság március közepe táján mintegy 70 ügyet tárgyalt meg több tárgyaláson keresztül. A legtöbb keresetet gazdaságok nyújtották be, amelyek félnek a frissítés következményeitől. A Leefmilieu Egyesület is benyújtott válaszlépést, hogy megakadályozza a Natura 2000 területek védelmének visszavonását.
A bíróság ítéletében elismeri, hogy a (gazdálkodó) vállalkozások aggódnak a döntés hatásai miatt. Sokan közülük azt állítják, nem volt számukra nyilvánvaló, milyen nagy hatása lesz a Natura 2000 területek kijelölésének.
Ezenkívül a gazdálkodók jelenleg hatalmas nyomást éreznek a nitrogénprobléma miatt, és igazságtalannak tartják, hogy különösen a mezőgazdasági szektornak kell elszenvednie ennek következményeit. Az ellentmondásos módosítási döntés jó példája ennek, mivel most kiderült, hogy a korábban kijelölt Natura 2000 területeket utólag módosíthatják.
Az ítélet végül érvényben hagyja a kormány döntését. Ennek oka, hogy a miniszter az európai jog alapján köteles gondoskodni arról, hogy a Natura 2000 területek élőhelyei és fajai helyesen legyenek védve. Ha aktuális ökológiai adatok alapján kiderül, hogy fajok vagy élőhelyek kimaradtak, a miniszter köteles kijavítani a korábbi kijelölést.
Viszont a miniszternek korábban lehetőséget kellett volna biztosítania az élőhelytípus-térképek megtekintésére. Ezt nem tette meg. Ez azonban nem változtat az ügyek kimenetelén, mert a térképek a fellebbezési ügyekben végül mégis elérhetővé váltak, így a gazdálkodók több mint egy évig reagálhattak rájuk. Sok (gazdálkodó) vállalkozás ezt nem tette meg.