Dari tiga belas saksi dalam kasus MH17, identitas mereka akan dirahasiakan. Menurut hakim penyidik, saksi-saksi tersebut berhak mendapat perlindungan karena mereka dapat merasa terancam atau berada dalam bahaya. Menurut Kejaksaan, terdapat "risiko besar bagi para saksi".
Tentang status ‘saksi anonim’ ini, belum banyak yang diumumkan. Misalnya, belum jelas apakah mereka masih tinggal di Ukraina atau Rusia, atau telah dipindahkan ke tempat lain dengan bantuan Belanda. Kesaksian mereka sangat penting sebagai bukti melawan empat terdakwa saat ini, dan mungkin juga untuk terdakwa baru di masa depan.
Belum jelas juga apakah mereka sebagai saksi ‘anonim’ menikmati perlindungan yang sama dengan ‘saksi kunci’ dalam perkara pidana besar Belanda pada umumnya. Saksi kunci dalam beberapa kasus mendapatkan kompensasi finansial yang cukup besar untuk penghasilan yang hilang atau kerugian yang diderita, bahkan identitas baru dan pengawalan.
Yang menarik, sebagian besar saksi yang mendapatkan perlindungan baru didengar pada tahun 2019 oleh hakim penyidik Belanda (‘hakim investigasi’). Kesaksian mereka direkam dalam bentuk video, dimana saksi tidak terlihat jelas. Pada pemeriksaan itu, tiga jaksa penuntut Belanda (‘para jaksa’) dan pengacara terdakwa (‘pihak pembela’) tidak hadir.
Untuk satu saksi, permohonan menyembunyikan identitasnya ditolak oleh pengadilan. Hakim penyidik menilai saksi tersebut bisa merasa terancam dengan kesaksiannya, tetapi secara praktis mustahil menjamin anonimitasnya. Apa arti dan isi dari hal tersebut belum jelas. Selain itu, belum pasti apakah saksi tersebut harus hadir di pengadilan.
Tiga jaksa penuntut telah meminta pengadilan untuk menyusun ‘ringkasan’ dari interogasi video saksi M58. Saksi ini baru-baru ini mengungkapkan identitasnya sendiri, namun masih diperlakukan sebagai saksi anonim dalam persidangan. Menurut jaksa, terdakwa tersebut sendiri hadir saat peluncuran roket BUK, dan melihat serta berbicara dengan beberapa pejabat Rusia.
Jaksa juga ingin menginterogasi lima saksi anonim lainnya. Hal ini bisa dilakukan secara anonim kembali oleh hakim penyidik, asalkan jaksa dan pengacara terdakwa dapat mengajukan pertanyaan secara tertulis terlebih dahulu. Dengan cara ini, bagian yang lebih besar dari bukti dasar dapat tetap dipublikasikan. Ini juga dapat mengurangi tuduhan bahwa sebagian besar bukti yang anonim menjadi ‘meragukan’.
Tujuh pengacara dari keluarga korban juga berargumen di pengadilan bahwa bagian yang lebih besar dari bukti harus dibuat publik. Dengan demikian, keluarga yang berduka dapat lebih memahami apa yang sebenarnya terjadi pada tanggal tragis 17 Juli 2014 itu.
Kejaksaan juga ingin pengadilan MH17 di Schiphol melihat rekonstruksi pesawat Malaysia yang ditembak jatuh. Potongan pesawat yang jatuh di Ukraina Timur dibawa ke Belanda untuk penyelidikan JIT pada tahun 2015 dan kini telah direkonstruksi setengah hancur di hanggar pangkalan udara Gilze-Rijen.
Tiga jaksa mengajukan proposal untuk ‘kunjungan lapangan’ pada hari sidang kedua dalam proses pidana terhadap keempat terdakwa. Menurut jaksa, penting bagi hakim untuk melihat langsung "gambaran lengkap kerusakan". Kejaksaan ingin pengadilan segera memutuskan apakah kunjungan lapangan akan dilakukan. Kunjungan ini kemungkinan bisa berlangsung pada bulan Juni, saat bagian kedua proses dimulai. Sesi sidang ketiga direncanakan awal September, dan fase ketiga pada Februari tahun depan.