Inti dari peraturan yang diusulkan oleh Komisi Eropa adalah pengelompokan teknik NGT ke dalam dua kategori. Tanaman dan makanan alami yang mengalami perubahan genetik yang juga dapat terjadi secara alami melalui mutasi, tidak lagi dikategorikan sebagai makanan yang dimodifikasi secara genetik. Namun, semua tanaman NGT lainnya masih harus tunduk pada aturan mengenai organisme yang dimodifikasi secara genetik.
Namun, sikap yang telah dicapai oleh negara-negara UE saat ini belum menyelesaikan beberapa isu sensitif, seperti kewajiban pelaporan pada label jika makanan telah diproses menggunakan teknik GMO. Negara-negara UE menghindari keputusan ini dengan memberikan opsi opt-out, dimana pengesahan beberapa teknik baru diserahkan kepada negara-negara masing-masing.
Kompromis Dewan memperbolehkan negara-negara UE melarang budidaya tanaman NGT kategori kedua di wilayah mereka. Mereka juga bisa mengambil langkah untuk mencegah penyebaran tanaman tersebut, baik di dalam perbatasan mereka maupun melintasi batas negara. Jerman tidak setuju dengan aturan pengecualian semacam ini.
Kritik terhadap sikap mayoritas negara UE saat ini datang antara lain dari anggota Parlemen Eropa dari partai Hijau. Martin Häusling dari Jerman menggambarkan usulan tersebut sebagai 'deregulasi radikal' dan mengkritik ketiadaan persyaratan terkait pelabelan, keterlacakan, dan tanggung jawab.
Dengan mandat negosiasi dari negara-negara UE, kini negosiasi trilog antara Parlemen Eropa dan Komisi Eropa dapat dimulai. Peraturan tersebut baru dapat disahkan dan mulai berlaku jika ada kesepakatan antara ketiga lembaga tersebut.
Parlemen Eropa sebelumnya telah mendukung regulasi yang lebih ketat, terutama dalam hal pelabelan dan hak paten. Terutama pertanian organik dan sistem produksi bebas GMO berisiko terdampak. Usulan Komisi saat ini menghapus aturan yang memungkinkan keberadaan bersamaan antara pertanian organik dan pertanian konvensional dengan manipulasi genetik.