Inti dari peraturan yang diusulkan oleh Komisi Eropa adalah pengelompokan teknik NGT ke dalam dua kategori. Tanaman dan makanan alami yang mengalami perubahan genetik yang juga dapat terjadi secara alami melalui mutasi, tidak lagi dikategorikan sebagai makanan yang dimodifikasi secara genetik. Namun, semua tanaman NGT lainnya masih harus tunduk pada aturan mengenai organisme yang dimodifikasi secara genetik.
Namun, sikap yang telah dicapai oleh negara-negara UE saat ini belum menyelesaikan beberapa isu sensitif, seperti kewajiban pelaporan pada label jika makanan telah diproses menggunakan teknik GMO. Negara-negara UE menghindari keputusan ini dengan memberikan opsi opt-out, dimana pengesahan beberapa teknik baru diserahkan kepada negara-negara masing-masing.
Kompromis Dewan memperbolehkan negara-negara UE melarang budidaya tanaman NGT kategori kedua di wilayah mereka. Mereka juga bisa mengambil langkah untuk mencegah penyebaran tanaman tersebut, baik di dalam perbatasan mereka maupun melintasi batas negara. Jerman tidak setuju dengan aturan pengecualian semacam ini.

