Sumber pencemaran utama adalah pupuk dan bahan kimia dari pertanian, yang mencemari air dengan nutrien seperti nitrogen dan fosfor, yang menyebabkan eutrofikasi. Selain itu, limbah industri turut menyumbang pencemaran kimia pada sungai, danau, dan perairan pesisir​.
Perubahan struktural pada jalur air, seperti bendungan dan kanalisasi, juga turut berkontribusi pada kemunduran ekologi​, menurut sebuah laporan baru dari Badan Lingkungan EU.
Air permukaan dianggap sangat penting untuk menjaga keanekaragaman hayati, namun di banyak wilayah di Eropa Barat Laut (termasuk Belgia, Belanda, dan Jerman), kualitas lebih dari 90% badan air digambarkan sebagai sedang, buruk, atau sangat buruk.

