Sumber pencemaran utama adalah pupuk dan bahan kimia dari pertanian, yang mencemari air dengan nutrien seperti nitrogen dan fosfor, yang menyebabkan eutrofikasi. Selain itu, limbah industri turut menyumbang pencemaran kimia pada sungai, danau, dan perairan pesisir​.
Perubahan struktural pada jalur air, seperti bendungan dan kanalisasi, juga turut berkontribusi pada kemunduran ekologi​, menurut sebuah laporan baru dari Badan Lingkungan EU.
Air permukaan dianggap sangat penting untuk menjaga keanekaragaman hayati, namun di banyak wilayah di Eropa Barat Laut (termasuk Belgia, Belanda, dan Jerman), kualitas lebih dari 90% badan air digambarkan sebagai sedang, buruk, atau sangat buruk.
Revisi yang akan datang terhadap pedoman UE untuk pencemaran tanah dan penanganan pencucian bahan kimia sangat penting. Revisi arahan kerangka ini tidak hanya harus meningkatkan kualitas air, tetapi juga memulihkan kesehatan ekosistem.
Selain pencemaran yang mengancam air permukaan, Eropa juga harus menghadapi perubahan iklim, yang semakin menekan ketersediaan air. Peningkatan suhu, perubahan pola curah hujan, dan periode kekeringan tanaman menyebabkan meningkatnya tekanan air di berbagai wilayah, terutama di Eropa Selatan. Badan air seperti sungai dan danau di sana lebih cepat tercemar, yang semakin merusak kualitas air​.