Menurut pengadilan, menteri tidak diperbolehkan mempertimbangkan alasan ekonomi berdasarkan hukum Eropa (seperti yang diminta para petani), melainkan hanya alasan ekologis dan kebumian. Pengadilan menilai bahwa habitat sudah termasuk sejak penerapan undang-undang Natura2000, tetapi status alami mereka bisa saja memburuk dalam beberapa tahun terakhir.
Dalam hal tersebut, pemerintah bahkan dapat dikenai teguran dari Uni Eropa jika pelarangan penurunan kualitas habitat dilanggar dan menteri tidak mengambil tindakan apa pun.
Keputusan menteri ini mendapat banyak pengajuan keberatan dari seluruh Belanda di berbagai pengadilan. Pengadilan di Arnhem menangani sekitar 70 kasus pada pertengahan Maret dalam beberapa sidang. Sebagian besar keberatan diajukan oleh petani yang khawatir dengan dampak pembaruan ini. Selain itu, Asosiasi Lingkungan Hidup juga mengajukan tanggapan untuk mencegah pengurangan perlindungan kawasan Natura 2000.
Pengadilan menyatakan dalam putusannya bahwa mereka memahami kekhawatiran para (petani) perusahaan mengenai dampak keputusan ini pada usaha mereka. Banyak yang mengatakan tidak menyadari sebelumnya bahwa penetapan kawasan Natura 2000 dapat berdampak sebesar itu.
Lebih jauh, para petani saat ini menghadapi tekanan besar akibat masalah nitrogen dan menganggap tidak adil bahwa sektor pertanian tampak menjadi pihak yang paling dirugikan. Keputusan perubahan yang kontroversial ini merupakan contoh yang baik karena menunjukkan bahwa kawasan Natura 2000 yang telah ditetapkan sebelumnya dapat disesuaikan kemudian.
Dalam putusan akhirnya, pengadilan mempertahankan keputusan pemerintah. Hal ini karena menteri wajib menurut hukum Eropa memastikan perlindungan habitat dan spesies di kawasan Natura 2000 selalu akurat. Jika data ekologis terkini menunjukkan bahwa jenis atau habitat tidak tercakup, menteri wajib memperbaiki penetapan sebelumnya.
Yang seharusnya dilakukan menteri sebelumnya adalah membuka akses kartu tipe habitat untuk dikaji publik. Namun hal tersebut tidak dilakukan. Meski demikian, hal ini tidak mengubah hasil kasus karena kartu tipe habitat tersebut tersedia selama proses banding, sehingga para petani dapat memberikan tanggapan selama lebih dari setahun. Banyak dari (para petani) perusahaan tidak melakukannya.