Helstu mengunarefnin eru áburður og efni úr landbúnaði sem menga vatnið með næringarefnum eins og köfnunarefni og fosfór, sem leiðir til áburðarskemmda (eutrofíering). Einnig stuðlar iðnaðarmengað skólpvatn að efnamengun ár, vatna og strandsvæða.
Einnig hafa bygging stórvirkra mannvirkja í vatnsfarvegum, eins og stíflur og vatnslagnir, stuðlað að hnignun vistkerfa, samkvæmt nýrri skýrslu frá Umhverfisstofnun ESB.
Yfirborðsvötn eru talin eins konar lykilatriði fyrir varðveislu líffræðilegrar fjölbreytni, en í mörgum svæðum Norðaustur Evrópu (þar á meðal Belgíu, Hollandi og Þýskalandi) telst gæði yfir 90% vatnasafna vera meðal-, léleg eða mjög léleg.
Yfirvofandi endurskoðun leiðbeininga ESB um jarðmengun og meðhöndlun losunar eiturefna er þar af leiðandi þýðingarmikil. Þessi endurskoðun á rammatilskipuninni á ekki aðeins að bæta vatnsgæði, heldur einnig endurheimta heilbrigði vistkerfa.
Auk hætulegrar mengunar yfirborðsvatna þarf Evrópa einnig að taka mið af loftslagsbreytingum sem þrýsta enn frekar á vatnsöryggi. Hækkandi hitastig, breytt úrkomumynstur og þurrkaperíður í gróðri leiða til aukins vatnsþrýstings í ýmsum löndum, einkum á Suður-Evrópu. Þar eru ár og vötn fljótari að mengast, sem hefur áfram neikvæð áhrif á vatnsgæði.